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在不同环境下采集微生物样品时,所使用的工具和材料应是清洁的,有需要时应先做灭菌处理。例如,若需检测产品内部的微生物,则采样工具必须灭菌;若检测目的是餐饮或食品加工卫生状况的检查,则可直接使用餐饮器具或食品加工工具取样,无须灭菌。同理,样品的包装是否需要灭菌处理也取决于检测的目的。用于采集微生物样品的通用工具和材料及其要求如下:
(1) 包装、工具,部分样品表面的消毒材料;可使用75%(体积分数)酒精或其他杀菌剂，以及含酒精或其他杀菌剂的湿巾和垫片。
(2) 适宜大小和食用级别的塑料袋:容量应能满足样品的需求,是否无菌取决于检测的目的,最好带有防水标签。
(3) 盒子:用于蛋类及其他易碎产品的采集,是否无菌取决于检测的目的。
(4) 适宜材质及容量的瓶子或试管:用于采集液体样品,是否无菌取决于检测的目的，广口瓶特别适用于采集腐败变质的样品。
(5) 电子温度计:宜带有表面传感器和红外探测器,并经过校准。
(6) 样品标识系统;标签、永久性记号笔等。
(7) 勺子、镊子、刀具、手术刀、插入式取样器、长柄勺以及其他专用器具入(牡蛎刀，开贝器、注射器，移液管﹑开罐器等):是否无菌取决于检测的目的。
(8) 电钻或手钻:用于冷冻产品采集，应配备有适宜的钻头，是否无菌取决于检测的目的。
(9) 电锯或去芯器:用于肉类及奶酪等采集﹐是否无菌取买于检测的目的。
(10) 采样人员防护用品;如工作服、安全帽﹑鞋、手套等。
(11) 便携式冰箱或保温箱:用于样品运输﹐使用保温箱或容器(如泡沫塑料箱等)时，应将足够量的冰袋或制冷剂放在容器的四周，以保证运输过程中样品容器内的温度。
除以上的通用采样工具和材料外,乳及乳制品取样还需要手工混合器具与机械搅拌器具等(参见ISO 707);初级产品阶段取样还需要专用的鞋袜、拖拭子、绳拭子及消毒用火焰喷枪等(参见ISO 13307);环境表面及胴体取样时还需要一定面积的无菌模板(金属、塑料或纸质的)、专用的接触平板和含薄层培养基的蘸片﹑棉拭子、海绵和布垫片等(参见lSO 18593及ISO 17604)。对初级产品阶段采样时,用到多种一次性用品(如手套、靴、塑料袋),在每一个采样的环境场合(如不同的农场)都应该使用新的包装﹐在采样的过程中,应采取预防措施确保未使用的设备/材料不被污染。根据检测目的,非一次性的采样工具或设备应当在使用前进行灭菌,如高压灭菌或干热灭菌,在某些情况下,也可便用化学去污剂。经过灭菌处理后的设备应当是洁净、无菌,无生物抑制物的。在取样时需要重复使用的工具，可通过灼烧,75%(体积分数)酒精或者其他合适的消毒剂进行灭菌后使用。
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