细胞内含物是细胞质内形状比较大的颗粒状构造，主要有以下四类：
（1）贮藏物
贮藏物主要是贮存营养物质，它是不同化学成分累积成的不溶性颗粒。贮藏物的种类丰富，有碳源及能源类，例如糖原、聚β—羟丁酸（PHB）、硫粒等；有氮源类，例如藻青素、藻青蛋白等；还有比较特殊的“异染粒”，通常形成于含磷较丰富的环境中。
（2）磁小体
磁小体存在于少数趋磁细菌中，大小较为均匀，数目不等，形状有平截八面体、平行六面体或六棱柱体等。磁小体的成分是Fe3O4，在外面有磷脂、蛋白质或者糖蛋白膜包裹。磁小体有导向功能，也有很好的实用前景。
（3）羧酶体
羧酶体存在于部分自养细菌细胞内，形状为多角形或六角形，约等于噬菌体的大小。
（4）气泡
存在于大多光能营养型、无鞭毛运动水生细菌中，呈泡囊状，里面有柱形小空泡，充满气体，外部有蛋白质膜包裹。气泡具有调节细胞比重，使其漂浮在最适水层中的作用，以便获得光能、氧气、营养物质。
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