将发酵液稀释后涂布在固体培养基表面(即涂布法)，也可将经过灭菌后冷却至45~50℃的固体培养基与一定稀释度和体积的菌悬液混合(即混匀浇注法)，凝固后培养适当时间，测定菌落形成单位的数目。涂布法不易使菌落均匀分布，从而影响菌体计数。混匀浇注法较易使菌落均匀分布，但分布在培养基内的部分细胞所形成的菌落较小，甚至无法形成菌落，这会影响菌体计数。所以两种方法各有利弊，可酌情选用。不同菌种的菌落大小不同，一般应将样品中的菌浓度控制在9cm培养皿中能生长50~500个CFU为佳。通常是先将待测样品作一系列稀释，每个稀释度在三个以上的平皿中培体积的离心管养生成菌落，取其平均值，根据合适的稀释度的平皿菌落数进行含菌量计算。
平皿菌落计数法可以反映样品中活菌的数量。该法要求菌体呈分散状态，否则单个菌落未必就是单个细胞形成的，所以，它较适合于细菌和酵母菌等单细胞微生物计数，不适于霉菌等多细胞微生物。如果培养基或培养条件不恰当，有些细胞也不能形成菌落，从而影响细胞计数。一个细胞一般要传25代，才会形成肉眼容易看到的菌落。也有人将培养基放在固定于载玻片上的小环中，将细胞接种到这种微型平板上，经短时间培养后，将它们移到显微镜下观测菌落数目。与以上平皿计数法相比，它能更快地获得结果。
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