一般的筛选菌株方法的处理量仍是很大的，稀释分离工作非常繁重。而且有些高产变异的频率很低，在几百个单细胞中并不一定能筛选到，所以，建立特殊的筛选方法是极其重要的。
1.营养缺陷型突变株的筛选
经诱变处理后的菌悬液在筛选前一般应先进行诱变后培养，以促使变异细胞发生分离，防止出现表型延迟现象，筛选出不纯的菌株。营养缺陷型的筛选一般包括浓缩、进一步检出和鉴别营养缺陷型等步骤。
（1）浓缩营养缺陷型菌
诱变后的细胞群体中大部分存活是野生型，而营养缺陷型占的比例相当小，这对分离是很不利的，所以，应该淘汰大量的野生型，以达到浓缩营养缺陷型的目的。常用的浓缩方法有抗生素法、菌丝过滤法、差别杀菌法和饥饿法等。
（2）进一步检出所需缺陷型
浓缩后的菌液中养缺陷型的比例较大，但并非全部都是。并且营养缺陷型中也有不同的类型。还需要进一步检出所需要的营养缺陷型。这样就需要采用逐个检出法、夹层培养法和限量补给法等方法进一步检出所需要的营养缺陷型。
（3）营养缺陷型的鉴定
获得的营养缺陷型菌株还应进一步确认其生长的所需物。菌株较少时，可用生长谱法，若菌株较多时，常采用组合补充培养基法。
2.抗性突变菌株的筛选
抗性突变株的筛选相对比较容易，只要有10-6频率的突变体存在，就容易筛选出来抗性突变株的筛选常用的有一次性筛选法和阶梯性筛选法两种手段。
（1）一次性筛选法
一次性筛选法就是指在对出发菌株完全致死的环境中，一次性筛选出少量抗性变异株。
（2）阶梯性筛选法
药物抗性即抗药性突变株可在培养基中加入一定量的药物或对菌体生长有抑制作用的代谢物结构类似物来一次性筛选，大量细胞中少数抗性菌在这种培养基平板上能长出菌落。但是在相当多的情况下，无法知道微生物究竟能耐受多少高浓度的药物，这时，药物抗性突变株的筛选需要应用阶梯性筛选法。阶梯筛选法包括梯度平板法或纸片扩散法两种。
3.组成酶变异株的筛选
许多水解酶是诱导酶，只有在含有底物或底物类物的培养环中，做生物才会合类、所以，诱导酶的生产不仅需要诱导物，而且受到诱导物的种类、数量以及分解产物的影响。能迅速利用的碳源（如葡萄糖）往往会引起酶合成的减少，诱导物有时又比较昂贵。这些都可能造成这些水解酶工业生产的波动以及生产成本提高。如果控制这些酶的合成的调节基因发生了变异，诱导酶就可能转变成组成酶，它的合成与细跑的其他组织蛋白一样，不再需要诱导物的存在。由诱导型的出发菌株诱变筛选出组成型变异株对于水解酶的工业生产具有重要的现实意义。具体的筛选方法有恒化器法、循环培养法和诱导抑制物法。
4.高分子废弃物分解菌的筛选
随着石油化工和塑料工业的发展，各种高分子包装废弃物日益增多，在自然界很难消化而进入物质循环。设法选育能分解利用这些高分子材料的微生物对于环境保护至关重要。这些高分子材料大多是不溶于水的，直接分离具有分解功能的微生物很困难。通过阶段式筛选法，首先寻找能在与聚乙二醇结构相似的含两个醚键的三甘醇上生长的微生物，接着，诱变筛选能分解聚乙二醇的变异株；或者筛选能以乙二醇、丙二醇为碳源的菌株，继而诱变筛选出能利用聚乙二醇等物质的变异株。这种由简单的聚合物单体入手逐级筛选高分子废弃物分解菌也许是一条有效的筛选思路。
5.无泡菌株及高凝聚性的选
有指在发酶过程中会产生大量的泡沫，从而造成发酵也得满溢，增大了染菌的机会，使发酵体系反应不均匀，也有可能引起某些发酵产物的生物活性丧失，如蛋白酶变性失活。为了避免泡沫的产生，常常需通过牺牲发酵液的装量或加入大量的消泡剂来消除泡沫的不利影响。发酵过程产生泡沫是菌体代谢、培养基和发酵工艺等方面的原因造成的，而菌种是产泡沫的关键，选育无泡沫或少泡沫菌株可以从根本上解决泡沫问题。
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