芽孢的结构是比较复杂的，我们可以对此作如下归纳说明：
1、孢外壁
主要成分是脂蛋白，透性比较差。孢外壁是部分芽孢含有的结构，有些芽孢没有这一层。
2、芽孢衣
主要成分是疏水性角蛋白，能够抵抗酶解和药物，多价阳离子很难通过。
3、皮层
主要成分是芽孢肽聚糖和DPA-Ca，体积比较大，渗透压高，含水量较大。
4、芽孢的核心构造，包括芽胞壁、芽孢质膜、芽孢质、核区。
芽胞壁含有肽聚糖，能够发展为新细胞的细胞壁；
芽孢质膜含有磷脂和蛋白质，能够发展成新细胞的膜；
芽孢质含有DPA-Ca、核糖体、RNA以及酶类；
核区含有DNA。
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