食品中细菌菌落总数通常以每g、每ml或每cm2面积食品上的细菌菌落总数而言，但不考虑其种类 。它的检测计数方法是在严格规定的条件下（样 品处理、培养基及其pH、培养温度与时间、计数方法等），使适应这些条件的每一个活菌细胞必须而且只能生成一个 肉眼可见的菌落，经过计数所获得的结果为该食品的菌落总数。
检测食品中的细菌菌落总数至少有两个方面的食品卫生意义。第一，它可以作为食品被污染程度的标志。许多实验结果表明，食品中的细菌菌落总数能够反映出食品的新鲜程度、是否变质以及生产过程的一般卫生状况等。一般来讲，食品中细菌菌落总数越多，则表明该食品污染程度越重，腐败变质速率越快。第二，它可以用来预测食品存放的期限程度，据有人报告，在0摄氏度条件下，每cm2细菌菌落总数约为1000000个的鱼只能保存6天；如果细菌总数为10000个，就可延至12天。
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