微生物与发酵工业关系十分密切，一方面微生物学中关于微生物代谢途径的研究为发酵工业奠定了理论基础；另一方面利用微生物发酵，又可生产出许多有用的化工产品。
发酵技术有着悠久的历史。在没有亲眼见到微生物个体形态的情况下，凭借人类的智慧和经验，依靠口传心授，人类已经开始利用微生物进行发酵生产发酵产品。我国古代早就有制酱做酒的资料记载，在西方有啤酒、葡萄酒、面包和干酪的生产，在中东和近东有乳酸菌发酵产品。
由于当时人们对发酵本质一无所知，所以发酵产物的生产一直处于原始方式。直到1675年，荷兰人列文虎克首次观察到微生物的个体以后，特别是法国巴斯德通过实验认识到发酵现象是由微生物所进行的化学反应以来，微生物与发酵之间的密切关系逐渐被人们所认识。巴斯德通过对多种发酵研究以后认为，发酵的本质是由微生物所引起，不同的微生物引起不同的发酵。发酵实践促进了微生物学研究的深入，反过来， 微生物学的发展又进一步推动发酵工业的发展。随后，科赫建立了微生物的分离和纯培养技术，开创了人为控制微生物的新时代。
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