过滤器主要有绝对过滤器和深层过滤器两类。
绝对过滤器，过滤介质呈膜状，其滤孔比要除去的颗粒的直径小。理论上可以100%除去微生物。其空隙的孔径均一，又可称为固定孔过滤器。去除颗粒的主要机理是拦截作用，可以通过控制孔的大小来保证除去一定大小范围的颗粒。因为也有一定的厚度，所以也可通过惯性碰撞、扩散和吸附等作用去除比孔径小的颗粒。在空气过滤时作用明显。绝过滤器的主要缺点是流动阻力会造成巨大的压力降。若采用带许多皱褶的滤膜可以增大表积，减小压力降。
深层过滤器，其空隙的直径比要除去的颗粒的直径大。其空隙的孔径不均一，又称为非固定孔过滤器。除菌的工作机理是通过惯性碰撞、扩散和吸附等作用，而非拦截。从理论上讲。它不可能绝对地去除所有的颗粒。深层过滤介质可分为两类：一类如棉花纤维、玻璃纤维、合成纤维和颗粒状活性炭等，它们要填充在一定的容器中定形；另一类制成板或管状，如石棉板和烧结材料等，除菌效率比前者高。
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