能够生产酶的微生物菌种分布很广，属于原核生物和真核生物的许多微生物都能用于酶制剂的生产。许多种微生物能够用于同一种酶的生产，例如，枯草杆菌，曲霉及根霉等都可以用于生产淀粉酶，产品都能够用于降解淀粉，但是每种微生物所生产的淀粉酶分子量、最适pH、最适温度及反应速率等都会有所差别。同一种微生物能够产生几种不同的酶或能够催化类似反应、但是作用位点不同的几种酶，例如，黑曲霉，既能产生淀粉酶又能产生纤维素酶或蛋白酶；而枯杆菌，产生的淀粉酶中，则可能包括α-淀粉酶、β-淀粉酶、支链淀粉酶及糖化酶等淀粉水解酶。还有一些酶制剂实际上是几种不同酶的混合物并通过它们的协同作用完成的催化作用。例如一般称为纤维素酶的商品酶制剂至少是三种酶的混合物，正是在这三种酶的共同作用下，将纤维素最终水解为葡萄糖。
1、利用微生物生产酶制剂的主要优点：
（1）可以通过改变微生物的遗传性状和优化培养条件而大大提高产酶水平。通过对产酶菌种的选育，可以提高参与微生物分解代谢的酶活水平。
（2）由于微生物发酵的生产周期短，培养基价格低廉，酶制剂可以实现大规模、低成本的工业化生产。
（3）微生物的筛选方法比较简单且成熟，因此有可能在较短的时间内从成千个菌株中筛选出高产菌种。
（4）同样的反应可以用来源于不同微生物所产的性质略有不同的酶催化，因此生物反应器的操作条件选择具有一定的灵活性和适应性，以便与前后工序相配合
（5）微生物发酵生产的酶比活高，有利于酶的分离和提纯。
2、产酶微生物的要求
（1）菌种的遗传性能应该比较稳定；
（2）菌种具有较高的生长速率；
（3）除了蛋白酶生产菌种外，其他产酶菌种的产蛋白酶活力应该很低，以防止目标酶被蛋白酶水解；
（4）目标酶制剂的产量较高。
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