一、荚膜
某些细菌生活在一定的营养条件下时，会在细胞壁表面形成一层松散的粘液状物质，称为荚膜，一般由多糖和多肽组成。荚膜能够保护细胞免遭干燥影响，同时也是细胞外的碳源和能源的储备物质。当环境缺乏营养时，可被细胞利用。从临床方面来讲荚膜可以保护病原菌免遭宿主吞噬细胞的吞噬，增强其致病能力。如具有荚膜的S 型肺炎球对人体毒力强，能引起肺炎，但如果细胞失去荚膜(即成为R型菌株)后，致病力就下降。
因荚膜是由细菌细胞壁外的一层粘液性多糖类物质组成，其对染料的亲和力较弱，因此不容易着色，通常采用负染色法进行染色，让菌体和背景着色，而荚膜不着色，从而使菌体周围呈现透明圈。
荚膜染色方法：
第一步：需要制作适当厚度的细菌涂片，涂片时可多挑些菌体与水充分混合，并将粘稠的菌液尽量涂开，但涂布的面积不宜过大，在空气中自然干燥，不要加热固定。
第二步：滴加适量的结晶紫染色液于载玻片上，完全覆盖菌体，静置染色5-7分钟。
第三步：用20%硫酸铜水溶液冲洗涂片，冲洗要适度，2-3遍即可。
第四步：用吸水纸吸干多余的水分，并立刻滴加1-2滴香柏油，以免形成CuSO4结晶。
第五步：使用显微镜镜检观察。
二、鞭毛
鞭毛是生长在细菌菌体表面的细长、弯曲的，具有运动功能的蛋白质附属物。鞭毛的数目大约有一至数十条，长度约为15-20μｍ，直径为0.01-0.02μｍ。鞭毛是细菌的运动器官，观察细菌鞭毛对于细菌鉴定有十分重要的意义。依据鞭毛的有无、位置和数量，细菌分为无鞭毛菌、单端极鞭毛菌、单端双鞭毛菌、单端丛鞭毛菌、周鞭毛菌、侧鞭毛菌等。
一般情况下，因鞭毛较细，在光学显微镜下不易观察，通常需使用电镜进行观察，但通过特殊染色方法使染料沉积在鞭毛上使其加粗，就可克服上述困难。
鞭毛染色方法：
第一步：挑选活力较强的幼龄细菌进行涂片，挑取菌的时候尽量不要带有培养基，涂片的玻片必须清洗干净，染色前可用洗衣粉洗净并在酒精中浸泡24h，用前擦拭干净后使用。
第二步：将菌落轻点在玻片上，倾斜玻片让菌液自然留下，不要用接种环涂抹或用力过猛，以免破坏鞭毛。
第三步：静置待其自然干燥。
第四步：滴加鞭毛染色液 2-3滴，在室温中染色10分钟。
第五步：直接用蒸馏水缓慢冲洗染液，不要先倾去染液后再水洗，以免污染背景不易观察，冲洗时要将染液的颜色冲洗干净否则也会影响观察。
第六步：使用显微镜镜检观察。镜检时先从边缘开始逐渐向中间镜检，因为边缘处菌量小，易观察到单菌落，中心处菌易重叠，不易观察。
三、芽孢
芽胞是芽胞杆菌休眠期的一种特殊形态。芽胞的形态包括芽胞形状、芽胞位置和胞子囊膨大，芽胞形态分为圆柱形、椭圆形、球形，芽胞位置分为端生、近端生、中生或近中生。具有非常强劲的抗热、抗化学药物、抗辐射性能。根据芽胞的形态学可以对芽胞杆菌属和梭菌属进行初步鉴定。
芽孢壁厚、透性低，着色、脱色均较困难。因此，用着色力强的染色剂(如孔雀石绿)在加热条件下进行染色时，染料不仅可以进入菌体，而且也可以进入芽孢，进入菌体的染料可经水洗脱色，而进入芽孢的染色的染料则难以透出，若再用复染液(如沙黄水溶液)染色后，芽孢仍然保留初染剂的颜色，而菌体被染成复染剂的颜色，即菌体和芽孢分别染成红色和绿色易于区分。
芽孢染色方法：
第一步：常规涂片，待干燥后，通过火焰上方3次，进行固定。
第二步：滴加3-4滴孔雀石绿水溶液于涂片上。
第三步：用木夹夹住载玻片在火焰上持续加热6-8s，使染液冒蒸汽但不沸腾。
第四步：待玻片冷却后，倾去染液，水洗至不再褪色为止。
第五步：用番红溶液复染1min，水洗至水为无色。
第六步：待其干燥后，使用显微镜镜检观察。
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