从链霉菌合成的聚酮化合物次级代谢产物的数量很多，它们都是通过乙酸和丙二酸的缩合生物合成的。其中最重要的两类医用抗生素是抗肿瘤的蒽环类（Anthracyclines）和抗菌的四环素类（Tetracyclines）。
蒽环类抗肿瘤剂的化学结构特点是含有一个或多个糖取代的羟基蒽醌。它们最先是根据其抗菌活性而分离得到的，然后发现它们还具有抗肿瘤活性，如从S.peucetius分离得到了具有抗白血病的道诺红霉素（Daunorubicin或Daunomycin），从S.peucetius变异株发现了其羟基衍生物阿霉素（Doxorubicin或Adiamycin），阿霉素对白血病和几种恶性肿瘤都有活性。最近又从S.galilaeus发现了一种新的抗肿瘤抗生素Aclarubicin。这些抗肿瘤抗生素都已经用于临床治疗。
四环素（Tetracycline）类抗生素具有广谱抗菌能力。它们与蒽环类抗生素的主要区别是环上没有糖基取代，但是有二甲基胺取代。这类抗生素中首先发现的是从S.aureo faciens产生的金霉素（Chlortetracycline）和从S.rimosus产生的土霉素（Oxytetracycline），然后从S.aureofaciens的突变株获得了四环素，四环素的副作用是使牙齿变黑。去甲基金霉素从S.aureofaciens的突变株获得了四环素，四环素的副作用是使牙齿变黑。去甲基金霉素（Demethyltetracycline）也是由S.aureofaciens的另一突变株生产的。现在，金霉素已只用于动物饲养业;四环素的半合成衍生物，如强力霉素（Doxycycline）及二甲胺四环素（Minocycline）仍可用于人类疾病的治疗。
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