已经从链霉菌分离得到的核苷类抗生素有200多种，它们的活性和作用方式各不相同，只有少数已应用于农业上。如杀稻瘟素（Blasticidin）S可以防止水稻稻瘟病的发生，由S.griseochromogenes产生；多氧菌素（Polyoxins）对植物病原体具有广谱抗真菌功能，由S.cacaoi产生。
不属于以上类型但由链霉菌生产的其他重要抗生素及生物活性物质还有：氯霉素（Chloramphenicol），属于芳香胺-醇化合物，是少数几种含硝基的天然化合物之一。氯霉素具有广谱抗菌活性，特别是对革兰阴性菌的抗菌效果更好，由 S.venezuelae产生。林可霉素（Lincomycin）分子由一个脯氨酸衍生物与一个改性的糖分子结合而成，其生物活性与红霉素类似，由S.lincolnesis发酵生产。新生霉素（Novobiocin）的分子结构很复杂，含有一个香豆素、一个糖基和一个苯甲酸衍生物，临床上用作抗葡萄球菌，但主要用于兽药。新生霉素由S.niveus生产。磷霉素（Posfomycin）是肽葡聚糖合成的抑制剂，对革兰阳性和阴性菌都有抗菌活性，有好几种链霉菌都能用于生产磷霉素，典型的有S.fradiae。FK506的分子结构中含有一个23元的内脂环，结构复杂，是一种免疫抑制剂，由S.tsukubaensis 产生。米多霉素（mildiomycin）是1978年由日本的Takashi Iwasa等人从一株龟裂链轮丝菌（Streploverticillium rimo faciens B-98891）的次级代谢产物中分离得到的一种新型核苷类抗生素，属于抗真菌类抗生素，对白粉菌有强烈的抑制或杀灭作用，而且对人类及鱼类的毒性很小，已经商品化生产。
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