曲霉（Aspergillus）主要用于有机酸和酶制剂的生产。由曲霉生产的最重要的次级代谢产物是洛伐他汀（Lovastatin），由A.terreus生产，它的功能是抑制胆固醇生物合成途径中的第一个酶（甲基羟基谷氨酸还原酶）的活性，从而达到降低胆固醇的目的。洛伐他汀及其半合成产物新伐他汀已经成了医治心血管疾病的常用药。
曲霉中，A.nidulans 虽然能够产生青霉素，但活力不高，不能用于工业生产。 A.alliaceus能产生葱曲霉素（Asperlicin），这是一种非肽类的氨基酸衍生物，是一种正在研究中的缩胆囊肽的拮抗物。从A.oryzae和其他霉菌中分离的小肽Aspergillomarasmine对血管紧张肽转化酶有一定的生物活性。从A.nidulans或A.rugulosus分离得到的脂肽棘白菌素（Echinocandins）具有抗霉菌活性，其中EchinocandinB经化学改性后得到的Cilo fungin抗霉菌剂有较好的临床应用前景。
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