除了上面讨论的能够生产抗生素的主要微生物种属外，其他微生物也能够产生一些重要的抗生素。在细菌中，从葡萄糖杆菌Gluconobacter SQ26445分离得到了磺胺净素（Sulfazecin），属干磺酰基单环β内酰胺类抗生素。以后发现农杆菌（Agrobacterium）、色杆菌（Chromobacterium）、纤维黏细菌（Cytophage）和曲挠杆菌（Flexibacter）的一些种也能产生磺胺净素。黄杆菌（Flavobacterium）和黄单胞菌（Zanthomonas）的某些菌株则能够产生头孢菌素C。
霉菌中的头孢霉（Cephalosporium chrysogenum）是最重要的头孢类抗生素生产菌种。头孢霉在分类学上有一些不同看法，它们的共同特点是分生孢子的结构简单，在一小部分分生孢子的顶上有一个单茎或分枝很少的茎，其菌丝分化形成节孢子。Cephalosporium chrysogenum的营养要求与青霉类似，一些糖类、甲基油酸或甘油都能作为碳源，无机氮、氨基酸或复合的多肽作为氮源。除头孢类抗生素外，Cephalosporium生产的其他重要抗生素都属于聚酮类或萜类化合物，如六酮类的浅蓝菌素Cerulenin（C.caerulens）是脂肪酸生物合成的抑制剂；梭链孢酸（Fusidic acid，Acremonium fusidioides）则是抗葡萄球菌剂。
木霉属的Trichoderma inflatum是环孢A的生产菌，环孢A具有抗霉菌活性，更重要的用途是作为器官移植的免疫抑制剂。
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