新筛选方法的目标是尽可能地提高某一类微生物的富集度。例如，如果要从土样中分离杆菌，可以首先将土样加热到70℃或在50%乙醇溶液中浸泡一小时。经过这种条件的处理，只有杆菌的孢子才能存活，这样就使杆菌的富集度大大提高。再与选择性培养基相结合，就能得到性能更特殊的微生物，如嗜酸菌或革兰阴性菌等。
对于除链霉菌以外的其他放线菌，一种很有用的筛选方法是先将土样在空气中干燥，然后加热到100～120℃，并保温一小时。虽然这种方法的选择性不是很理想，但是能大大减少细菌和链霉菌的数量，结合应用选择性培养基往往能起到很好的筛选效果。如：利用含溶菌酶或土霉素的培养基能筛选到链轮丝菌（Streptoverticillium）；含脱甲基金霉素或甲烯七霉素的培养基则用于诺卡菌（Nocardia）的筛选；指孢囊菌（Dactylosporangium）会在含几丁质的培养基中选择性地生长等。
在筛选霉菌时，可以在培养基中加人四环素等抗生素以抑制细菌的生长，同时可选择在20℃的温度下培养，在较低温度下，放线菌基本上不会生长。另外，生长在极端气候条件下及与高等生物共同生活的霉菌中筛选出新抗生素的概率也比较大。
近年来，抗生素产生菌的高通量筛选方法的发展很快，大大提高了筛选效率和发现新抗生素的概率。
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