至于其他具有临床应用价值的次级代谢产物筛选，必须根据筛选的目标确定筛选的方法和程序。近年来，在筛选引起代谢紊乱的酶抑制剂、各种不同类型的配体和受体及细胞和细胞相互关系的调节剂等方面的研究进展很快，每年都有几十种新药面市，在心血管疾病、糖尿病及某些癌症的治疗中正在起着越来越大的作用。典型的有：免疫调节剂佳制霉素Bestatin、免疫阻遏剂FK506、引起炎症的弹性蛋白酶抑制剂Elasinin和 Elastinal、胰淀粉酶和蔗糖酶的抑制剂低聚糖Acarbose、胆固醇生物合成抑制剂密实菌素 Compactin和Mevinolin。最近的新趋势是筛选能干扰控制细胞分裂的酶，如抑制酪氨酸激酶和蛋白激酶C的生物活性物质及激素的拮抗物，这些药物对于控制恶性肿瘤的发展和代谢紊乱型疾病的治疗有着良好的应用前景。
在早期的抗生素筛选工作中，一般不考虑抗原生动物的活性。以后，抗原生动物的抗生素引起了人们的重视，采用了以能够降低试验原生动物的运动性作为判断标准进行筛选的方法；抗昆虫活性的抗生素也可以用类似的方法筛选得到。近年来提出了采用生化试验方法进行筛选的新方法，筛选的原理是基于昆虫的几丁质含量很高，可以根据抗生素对几丁合成酶和几丁酶的抑制能力进行筛选。抗虫抗生素筛选的一个成功例子是Merck公司生产的阿福霉素Avermectin，该抗生素首先由日本的Kitasato研究所分离得到，但由于它没有抗菌活性而得不到重视。Merck公司的专家根据对受蠕虫感染鼠的体内试验，证实了它的抗寄生虫功能。作为除草剂的抗生素可以根据其对谷氨酰胺合成酶的抑制作用进行筛选，例如若某种发酵液能使B.subtilis在最低培养基中的生长受到抑制，而当加入谷氨酰胺后抑制消失，就可以判断该发酵液中可能含有具有除草功能的化合物，除草剂Bialaphos就是用这种方法筛选得到的。另外还可以根据是否能抑制纤维素生物合成进行筛选，例如若能对细胞壁中含纤维素的霉菌Phytophthora parasitica 有抑制功能，就有希望筛选到具有除草功能的次级代谢产物。
总之，随着筛选技术的发展，新抗生素的筛选速度已经大大提高。由于生物化学的研究进展及人类基因组计划的接近完成，人们对疾病起因的认识已经提高到酶水平和基因水平，因此能够发现更科学的筛选基准，从而提高筛选的效率和抗生素类药物的治疗效果。可以预料，许多新的抗生素和次级代谢产物将被筛选出来，而且它们将具有更强的对症治疗功能、更低的副作用。
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