外源DNA分子还可以通过电穿孔法转人受体细胞。所谓电穿孔法（electroporation），就是把宿主细胞置于一个外加电场中，通过电场脉冲在细胞壁上打孔， DNA分子就能够穿过孔进入细胞。通过调节电场强度、电脉冲频率和用于转化的DNA浓度，可将外源DNA分别导入细菌或真核细胞。电穿孔法的基本原理是：
在适当的外加脉冲电场作用下，细胞膜（其基本组成为磷脂）由于电位差太大而呈现不稳定状态，从而产生孔隙使高分子（如DNA片段）和低分子物质得以进入细胞质内，但还不至于使细胞受到致命伤害。切断外加电场后，被击穿的膜孔可自行复原。电压太低时DNA不能进入细胞膜，电压太高时细胞将产生不可逆损伤，因此电压应控制在300～600V范围内，维持时间约为20～100ms，温度以0℃为宜。较低的温度使穿孔修复迟缓，有利于增加 DNA进人细胞的机会。
用电穿孔法实现基因导人比CaCl2转化法方便、转化率高，尤其适用于酵母菌和霉菌。该法需要专门的电穿孔仪。
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