在废弃物的好氧生物降解系统中，起主要作用的是细菌、真菌、藻类和原生动物，还可能存在一些后生动物。影响微生物群组成的主要因素是废弃物的种类和处理条件，例如，处理城市污水和化工厂污水的微生物群会有显著的差别；废弃物处理的环境条件，如：温度、pH等也会对微生物的种类和分布产生影响。另外，反应器形式对微生物群的构成也有影响，如用普通的曝气池和形成生物膜的反应器处理同样的废水，由于氧传递的差别会形成不同的微生物群。
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