外源基因片段无法直接进入微生物和动植物受体细胞，需要与特定的载体DNA结合后才能进入细胞。这种能承载外源DNA片段（基因）、能带入受体细胞而且具有自我复制能力的DNA分子称为基因工程载体（vector）。
基因工程载体决定了外源基因的复制、扩增、传代乃至表达。常用的基因工程载体有：质粒载体、噬菌体载体、病毒载体以及由它们互相组合或与其他基因组DNA组合成的载体。
载体可分为克隆载体和表达载体。根据载体转移的宿主细胞不同，所用的表达载体也不同。根据载体功能不同还可分为测序载体、克隆转录载体、基因调控报告载体等。在基因工程操作中，需要根据运载的目的基因片段大小、将来要进入的宿主细胞类型及是否需要将目的基因插入染色体等选用合适的载体。
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