白腐菌所产生的能够降解木质素的酶系有一个显著特点，这就是它们对底物的非特异性。它们能够将结构和性质存在很大差异的化合物降解，如：多环芳烃（如苯并芘、蒽等）、含氯芳香化合物（如五氯苯酚、4-氯苯胺、2,4,5-三氯苯氧乙酸及二𫫇烷）、杀虫剂（如 DDT、六六六及氯丹等）、染料（如结晶紫、酸性黄9、天青B及雷玛唑亮兰等）、炸药（如TNT、RDX及HMX等）和其他化合物如氰化物、叠氮化合物、甚至四氯化碳等。上述类型的有机化合物在一般的废水生化处理过程中是很难被降解的，浓度较高时还会引起活性污泥中微生物群的死亡。正是由于白腐菌非特异性的广谱降解性能，近年来对白腐菌在环境工程中的应用引起了广泛的兴趣，对降解机理和动力学的研究正在逐渐深入。一般认为只要有机污染物中至少有一个广域π分子轨道系统，就能产生一个正电子自由基，这种π分子轨道系统允许正离子/自由基离域，从而降低了自由能，维持了中间体的稳定。这类化合物都能够被白腐菌所产的酶系降解。根据这一原理，白腐菌不能降解脂肪族醚类化合物，如甲基叔丁基醚等。
白腐菌降解这些有机化合物时既可以直接用菌丝进行，也可以应用提取的酶。同样，如果应用提取的过氧化物酶，系统中必须保持一定浓度的过氧化氢，而漆酶则不需要。
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