（1）基因突变的自发性及不对应性
各种性状的突变都可以在没有任何人为诱变因素的作用下自发产生，这就是基因突变的自发性。基因突变的性状与引起突变的因素之间无直接的对应关系。任何诱变因素或通过自发突变过程都能获得任何性状的变异。就是说，在紫外线诱变下可以出现抗紫外线菌株，通过自发或其他诱发因素也可以获得同样的抗紫外线菌株，紫外线诱发的突变菌株也有不抗紫外线的，也可以是抗青霉素的，或是出现其他任何变异性状的突变。基因突变的自发性和不对应性已被波动测验、涂布实验和影印培养实验这三个著名的实验所证实。
（2）基因突变的稀有性
虽然自发突变随时都可能发生，但自发突变发生的频率是很低的。每个细胞在每一世代中发生某一性状突变的概率称为突变率，自发突变率一般在 10-9~10-6之间。突变率为 10-8表示 108 个细胞繁殖成2*108 细胞时，平均产生一个突变体。
（3）基因突变的独立性
突变对每个细胞是随机的，对每个基因也是随机的。每个基因的突变是独立的，既不受其他基因突变的影响，也不会影响其他基因的突变。
（4）基因突变的可诱变性
通过人为的诱变剂作用，可以提高菌体的突变率，一般可以将突变率提高 10~105 倍。因为诱变剂仅仅是提高突变率，所以自发突变与诱发突变所获得的突变株并没有本质区别。
（5）基因突变的稳定性
基因突变的原因是遗传物质的结构发生了变化，所以，突变产生新的变异性状是稳定的，也是可遗传的。
（6）基因突变的可逆性
由原始的野生型基因变异成为突变型基因的过程称为正向突变，相反的过程称为回复突变。实验证明，任何遗传性状都可发生正向突变，也可发生回复突变。
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