真核细胞基因表达调控要比原核细胞基因复杂得多，用于真核细胞的克隆和表达载体也不同于原核细胞。目前所用的真核载体大多是所谓的穿梭载体（shuttle vector），这种载体既能在原核细胞中复制扩增，也可以在相应的真核细胞中扩增及表达。由于在原核体系中易于进行基因的复制、扩增、测序等，因此可以利用穿梭载体先将要表达的基因装配好并大量复制后再转移到真核细胞中去表达，这为真核细胞基因工程操作提供了很大的方便。
用于真核生物基因表达的载体应具备如下条件：
① 含有原核基因的复制起始序列以及筛选标记，以便于在E.coli细胞中进行扩增和筛选；
② 含有真核基因的复制起始序列以及真核细胞筛选标记；
③ 含有有效的启动子序列，保证其下游的外源基因能启动有效的转录；
④ 应包含 RNA聚合酶Ⅱ所需的转录终止序列和poly(A)加入的信号序列；
⑤ 具有合适的供外源基因插入的限制性内切酶位点。
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