（1）YIP载体
YIP载体由大肠杆菌质粒和酵母的DNA片段组成，可与受体或宿主的染色体DNA同源重组，整合进入宿主染色体中，故只能以单拷贝方式存在，常用于遗传分析。
（2）YRP载体
YRP载体也由大肠杆菌质粒和酵母的DNA片段组成，但酵母DNA片段不仅提供抗性基因筛选标志，而且带有酵母的自主复制顺序（ARS）。由于大肠杆菌质粒本身也有一个复制点，所以这类质粒既可在大肠杆菌、又可在酵母中复制和表达，属于大肠杆菌-酵母穿梭载体。
（3）YAC载体
YAC载体是酵母人工染色体（yeast artificial chromosone）的缩写，属于能在酵母细胞中克隆大片段外源DNA的克隆体系，是由酵母染色体中分离出来的DNA复制起始序列、着丝点、端粒以及酵母选择性标记组成的能自我复制的线性克隆载体。
实际上YAC载体以质粒的形式出现，该质粒的长度约11.4kb，带有人工染色体所需的一切元件。如图11.4.2所示，当用它进行克隆时，先用BamHI和SmaI对它进行酶解，回收两个臂，然后平末端的外源大片段DNA就可以同两个臂连接，形成真正意义上的人工染色体。
结果表明，每个YAC可以装进100万碱基以上的大片段DNA，比柯斯质粒的装载能力还要大得多。YAC既可以保证基因结构的完整性，又可以大大减少建立基因文库所需的克隆数目，从而使文库的操作难度减少。这种能组装大片段DNA的质粒对生物基因组计划的实施具有重要的意义。
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