堆肥处理是利用自然界广泛存在的微生物，在人为控制的条件下，使废物中的有机物经过生物化学反应降解转化为有一定肥效的腐殖质或土壤改良剂。堆肥处理可分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。
（2）好氧堆肥法
好氧堆肥法是在有氧条件下，通过好氧微生物的作用，使有机废弃物达到稳定化，并转变为有利于土壤性状改良、作物容易吸收的有机物的方法。稳定化是指病原性生物的失活、有机物的分解和腐殖质的生成。
堆肥堆制后，其中的微生物开始生长繁殖，释放热量，促进堆肥内部温度上升，短时间内可达到60—70°甚至80°，然后逐渐降温并达到腐熟。在这过程中，堆肥中的无机物、有机物发生复杂的分解和合成的变化，微生物的种群组成也随之发生相应的变化。好氧堆肥大体上可分成3个阶段。
①发热阶段堆肥堆制初期，主要由中温好氧的细菌利用堆肥中最容易分解的有机物，如淀粉、糖类等，迅速生长繁殖，释放能量，使堆肥内温度不断升高。
②高温阶段堆肥温度上升到50°以上，进入了高温阶段。经过一段时间，温度可达60—70°，甚至80°。温度上升、氧气消耗和易分解的物质减少，嗜热的纤维素分解菌逐渐代替中温微生物的活动。这时堆肥中除残留的或新形成的可溶性有机物继续被分解外，一些复杂的有机物如纤维素、半纤维素等也开始迅速分解。
由于各种嗜热微生物的最适生长温度不完全相同，随着堆肥内温度的变化，堆肥内的嗜热微生物种类和数量也相应发生变化。一般情况下，在50°左右，主要是嗜热性真菌和放线菌，如嗜热真菌属和褐色嗜热放线菌等。60°左右，真菌几乎完全停止活动，仅有嗜热性放线菌和细菌在继续活动，慢慢分解着有机物。70°以上，大多数嗜热性微生物相继死亡或进入休眠状态。
高温对于堆肥的快速腐熟起到重要作用。在此阶段，堆肥内开始了腐殖质的形成，同时不断地杀灭病原性生物，堆肥物料逐渐进入稳定状态。
③降温和腐熟保肥阶段：当温度持续一段时间以后，容易分解的有机物已大部分分解，剩下的是较难分解的有机物，如木质素等和新形成的腐殖质。这时，微生物活动减弱，产热量减少，温度下降，中温性微生物又逐渐成为优势菌群，残余物质进一步分解，腐殖质不断增多，堆肥进入腐熟阶段。
（2）厌氧堆肥法
厌氧堆肥法是在不通气的条件下，将有机废弃物堆积，进行厌氧发酵，使其达到无害化处理，制成有机肥料。堆肥方式与好氧堆肥法相同，但堆内不设通气系统。厌氧堆肥堆温低，因此腐熟和无害化时间长，但堆法简便，节省工时。
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