1、多氯联苯的降解
多氯联苯（PCB）是人工合成的有机氯化物，它以联苯为原料，在金属催化剂作用下，高温氯化而生成。PCB耐酸、耐碱、耐腐蚀，具有良好的化学稳定性，工业上用途很广。但PCB有毒，对皮肤、肝、神经、骨骼等都有不良影响，而且是一种潜在的致癌因子，在环境中极难分解。因此美国环境保护局把PCB定为环境污染元凶。
目前已有证据证明，某些微生物能够降解PCB。据报道，从污泥中分离到的产碱杆菌属和不动杆菌属中的某些种类能“吃”PCB。它们能分泌一种特殊的酶，能将PCB转化为联苯或对氯联苯，然后吸收这些分解产物，排出苯甲酸或取代苯甲酸，再由环境中其他微生物进一步降解。也有人发现，红酵母也能降解多氯联苯。人们进一步研究发现，共代谢作用、降解性质粒和微生物之间的互生关系，能促使多氯联苯降解矿化。
2、二唖英的降解
二口恶英是多氯二苯并二口恶英和多氯二苯并呋喃两类化合物的总称。它是一种干扰人类 内分泌系统的类雌激素，对人类健康构成严重威胁。它在自然状态下很难降解。
已有报道利用微生物处理二口恶英的研究。有人发现，鞘氨醇单胞菌能降解一氯代和二氯代二口恶英，但不能降解多氯代二口恶英。更有人发现真菌中的黄孢原毛平革菌和另一种原毛平革菌能降解二口恶英。又有人用黄孢原毛平革菌和腐皮镰孢菌对二口恶英做了降解试验， 发现其分解效果比单用黄孢原毛平革菌提高10—50倍。由此可见，从自然界中分离选育降解二口恶英的菌种，也有着广阔的前景。
3、表面活性剂的降解
表面活性剂是一类在低浓度 时能显著降低液体表面张力的化学物质，它们能促进乳化，故广泛用于清洁剂、乳化剂和湿润剂中。但高浓度的表面活性剂对软体动物、甲壳动物、藻类和鱼类有毒。其中的丙烯四聚物型烷基苯磺酸盐在自然状态下很难分解。
不少微生物可以进行表面活性剂的降解，能从污水和土壤中分离到以表面活性剂为唯一碳源和能源的微生物，如假单胞菌属、邻单胞菌属、黄单胞菌属、产碱杆菌属、微球菌属和诺卡 氏菌属等。固氮菌属除拜氏固氮菌外，都是分解表面活性剂的积极行动者。
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