1、汞的微生物转化
汞可以元素汞、有机汞、无机汞化合物3种形式存在于环境中。它们都具有毒性，但无机汞的毒性最小。有些微生物如大肠杆菌能将有机汞、无机汞还原成元素汞，然后收集菌体，提取回收菌体内的汞，从而减少环境中的汞含量。另外，严格控制含汞化合物进入水体和土壤，防止汞素污染。
砷的微生物转化
砷是自然界广泛存在的毒性很强的物质，它不是人体必需元素。
砷的毒性不仅取决于浓度，而且取决于它的化学形态。五价砷是无毒的，三价砷是剧毒的。工业生产中，砷大部分以三价砷存在，这就增加了砷在环境中的危险性。As2O3（砒霜）即是一例，剧毒。
许多细菌如假单胞菌、黄单胞菌、产碱菌等能氧化亚砷酸盐为砷酸盐，使之毒性减弱。但也有微生物如微球菌和某些酵母菌能使砷酸盐还原成毒性更强的亚砷酸盐。
3、硒的微生物转化
硒是细菌、人及其他温血动物的必需元素，缺硒会引起一系列病变。但它又是剧毒元素，因此要控制好所需要的量。
微生物具有代谢硒化物的能力。所发生的转化作用或是改变硒的毒性或是具有其他利用价值。紫色硫细菌把元素硒氧化为硒酸盐，毒性增强。氧化亚铁硫杆菌代谢CuSe，生成元素硒，毒性减弱。土壤中大部分细菌、放线菌和真菌都能还原硒酸盐和亚硒酸盐为元素硒。群交裂褶菌、曲霉属、青霉属、棒杆菌属、气单胞菌属和黄杆菌属等能把元素硒和无机、有机硒化物转化成二甲基硒化物，毒性明显降低。
4、铅的微生物转化
铅在工业中广泛应用，但铅对人体毒性很大。铅可在细菌、藻类细胞中得到积累但不致死。因此可利用某些微生物如产碱杆菌属、黄杆菌属、假单胞菌属等从环境中吸收富集铅，而达到治理环境的目的。
此外，微生物还参与铁、锰、锡、镉和锑等金属的转化，虽然它不能直接降解这些金属，但可通过对金属的转化作用，达到减轻毒性的目的。
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