环境监测是了解环境状况和科学治理环境的重要手段，它包括化学分析、物理测定和生物监测3个部分。生物监测是利用生物对环境污染所发出的各种信息来判断环境污染状况。在生物监测中，微生物监测是重要的组成部分。因为生态环境中的微生物是环境污染的直接承受者，环境状况的任何变化都对微生物群落结构和生态功能产生影响，因此用微生物作为环境监测的指标之一是非常灵敏和真实可靠的。
（一）以含菌量作为检测环境质量的指标
1、水的卫生指标
水体中如存在某种肠道细菌即表明该水体曾被粪便污染，并有可能存在病原微生物。一般情况下，水中的致病微生物总量总是较少，而且直接检测也很困难。因此在水质卫生学检查中，通过检测与病原微生物并存于肠道且容易检出的肠道细菌作为指标菌，以取代对病原微生物 的直接检测。 目前在水质细菌卫生学检测中，大肠菌群、粪链球菌和产气荚膜梭菌常用作水质污染粪便的指标菌，其中以大肠菌群最为常用。因为大肠菌群在粪便中数量较多，且存活时间与肠道病原微生物大致相同，而检验方法又容易操作。
大肠菌群中如以典型大肠杆菌为主，说明水质受到粪便近期污染；如以非典型大肠杆菌为主，则表明水质受到陈旧粪便的污染。
为排除土壤中原存大肠菌群的干扰，通常将温度从37升至44检测，这时检测出来的大肠菌群称为“粪大肠菌群”，而在30摄氏度检测出来的大肠菌群称为“总大肠菌群”。
在水质卫生学检测中，根据水中大肠菌群的多少判定水质污染程度和饮用水的安全性。在实际中，常用“大肠菌群指数”和“大肠菌群值 ”作为指标。大肠菌群指数是指每100ml水中所含的大肠菌群的数量，而大肠菌群值则是验出一个大肠菌群的最少水样量（ml）。两者的关系可用下式表示：
大肠菌群值=100/大肠菌群指数
2、空气的污染程度
空气中的微生物主要来自人类的生活和生产活动。它们附着于固体尘埃或液体水滴上，随载体悬浮于空气中。微生物污染空气，容易造成呼吸道疾病的流行。因此要对空气中的微生物进行检测，以判断空气的污染程度。 目前直接检测空气中的病原微生物尚有困难，主要是通过检测空气中的菌落总数作为指标来评价空气质量。空气中的菌落总数常用撞击法和平面沉降法来检测。
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