利用有代谢活性细胞的工艺回收处理稀溶液中的金属离子可在活性污泥法中实现，然而这种工艺需解决两个问题：一是废水的化学组成不断变化，如何维持细胞的吸附活性；二是如何将已吸附金属的活细胞从净化液中分离出来。当废水中含有某些有毒组分时常会影响活细胞工艺的有效性。为维持最佳的微生物生长和活性，还需向废水中加入营养基质。非活性的休止细胞或致死细胞表面同样具有对金属离子有亲和力的负电基团，且死菌还易于固定化和吸附后的分离，避免了影响活细胞工艺的各种问题。正由于此，利用非代谢活性细胞的工艺商业化程度更高。
用微生物法提取溶液中的金属，最重要的问题是如何分离和回收吸附了金属的微生物。美国矿务局研究人员以某种多孔聚砜为基体，将微生物或泥炭藓掺于其中，形成名为BIOFIX的多孔吸附剂，把这种多孔小珠装在柱内形成固定床，溶液流经床层或在一些简单的设备中进行吸附。美国AMT公司开发的有机胶粒是用枯草芽孢杆菌经化学腐蚀制得的。腐蚀剂将微生物菌体转化为固定化颗粒，并使其金属吸附能力提高。利用这种胶粒可直接从溶液中富集金属，无需耗资又麻烦的化学预处理，且可以反复再生利用。用泡沫浮选法回收富集了重金属的微生物，是稀溶液重金属回收过程中一种较有潜力的方法。尽管微生物冶金技术可以从尾矿、贫矿、废矿、废水中回收某些金属，生产成本也大大低于传统冶炼法，并可使污染减少甚至无污染，但也存在反应速率慢、生产周期长的问题，这些问题有待于今后进一步改进和提高。
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