近年来，随着基因序列资料的丰富，有些学者建议，把DNA同源性的大小作为划分种的依据，把DNA同源性杂交在60%—70%以上，或者16rsRNA序列同源性达97%以上的菌株定为一个种。这一定种标准虽然有其科学性，但在微生物分类中，目前仍难以普遍采用。
在种以下还可分为亚种、变种、菌株和型等。
亚种是分类单位中最低的分类等级。变种是亚种的同义词，因易引起词义上的混淆，自 1976年以后种的亚等级改为使用亚种，而不再使用变种。
亚种：我们从自然界中分离得到的某一微生物的纯种，必须与文献上记载的典型种的特征完全一致，才能鉴定为同一个种。实际上有时分离到的纯种，除了大多数指标符合典型种的特征外，还有某一个显然不同的特征，而此特征又是稳定的。我们就把这种微生物称为典型种的“亚种”。巨大芽孢杆菌是以巴氏1884年原始报告为标准。1953年有人从土壤中分离到一株分解有机磷能力很强的巨大芽孢杆菌，而且性状稳定，因此将它称为巨大芽孢杆菌亚种，称之为巨大芽孢杆菌解磷亚种。
型：在自然界中，同一地区也可能有同一种微生物的各种类型同时存在着。它们彼此之间的区别往往不像亚种那样显著，一般往往表现在菌体的化学组分（抗原等结构上），如伤寒杆菌应用噬菌体反应可分为20多个型；结核分枝杆菌依其寄主的不同，可分为人型、牛型和禽型。
型常用于亚种以下的细分。
菌株或品系：“菌株”这个名称在实际中应用很广。它是指来源不 同的同一个种的纯培养物。由于世界上不存在两个绝对相同的个体，因而从自然界中分离到的微生物纯培养物，尽管它们同属一个种，但由于来源不 同，总会表现出细微的差异。为了表现出这些细微的差异和工作方便，我们就采用菌株或品系这个名称来代表某个具体的微生物纯培养物。这样，从自然界中分离到的每一个微生物纯培养物都可以称为一个菌株或品系。
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