一般地讲，自然界中的“种”应是有限的，但菌株却是无限的。
菌株的表示方法是：常在种名后面写上编号、字母、地址或其他符号等，如生产淀粉酶的枯草杆菌BF7658，生产蛋白酶的栖土曲霉3.942等。在微生物研究工作中，有时虽然是相同的种，但是由于所用的菌株不同，其结果往往不完全一样。因此，我们在总结科研、生产的成果或撰写论文时，保藏或索取菌种时，通常不但要写出种名，而且要注明菌株号码。
另外，在微生物学研究中，还常常碰到“类群”这个名词。类群通常指属以下几个比较近似的种的集合。具体做法是选一些特征最为明显的典型菌株，再把和它近似的菌株放在一起归为一个类群，例如抗生素的主要产生菌———链霉菌属，为了筛选新种的方便，把该属中的近似的种，归纳为14个类群。又如，曲霉属内，根据属内近似的种，归纳为18个类群。有的时候，类群可用来表示两种微生物和介于这两种微生物之间的中间类型，例如大肠杆菌菌群就包括大肠埃希氏菌、产气杆菌以及介于它们之间的中间类型。
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