同一种微生物在不同的国家或地区常有不同的名称，这就是俗名。俗名在局部地区可以使用，但不便于交流，容易引起混乱。为在世界范围内便于交流和开展工作，要求给每一种微生物取上一个为大家所公认的科学名称，这就是学名。
微生物的命名同样采用生物学中一贯沿用的林奈的“双名法 ”。这种国际命名法的一般规则如下：
①每一种具有显著区分的微生物，称之为“种”。
②每一个种给一个名字，其学名通常是用 , 个拉丁词组成。
③学名的第一个词是属名，属名的第一个字母要大写。属名是拉丁词或希腊词或拉丁化了的其他文字所构成。它是一个名词，用以表示该属的主要特征。
属名有时可用人名或地名来表示，如 0(!&$+&1$..( 2$!&3#!（鼠疫 巴斯德 氏菌 ）、志贺 氏杆菌属。
属名在上下文重复出现的情况下，可以缩写表示。
④学名的第二个词为种名。种名是拉丁语中的形容词，表示微生物的次要特征，如金黄色葡萄球菌中的AUREES是形容词，意思是“金黄色的”。
⑤种名也有用人名或地名来表示的，如巴氏芽孢杆菌，保加利亚乳杆菌。
种名首字母不大写。
学名在印刷时，要用斜体字表示，或者在正排字下面加一条横线表示。
值得注意的是，在属以上的名称，如 门、纲、目、科等，其名称第一个字母要大写，但不印成斜体字。
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