斯坦尼等人在1962年提出原核生物的概念，表明细菌是一群与其他生物有明显界限而又有关联的单细胞生物。1981年由斯坦尼等主编的第1版《原核生物》，对原核生物界的全面认识起到了重要作用。
1991年由伯隆斯等主编的第2版《原核生物》，完全遵照原核生物系统发育的顺序描述了每个分支上细菌的属或更高的分类单元。这个原核生物系统发育是以伍斯的核糖体RNA序列同源性为基础，首次为单细胞的原核生物建立了真正的系统发育树。
第2版《原核生物》在主题编排上与第1版有本质的不同。第2版完全按照系统发育树进行了各章节的编排。当然这也存在某些问题，一是一些表观特征相近而系统发育上无关的菌群将在不同章节中描述；二是一些系统发育不确定的菌群无法归属。为了解决这些矛盾，第2版将所有内容分为6部分：
a、引言：介绍微生物学的广泛性、原核生物的多样性、系统发育、分离鉴定、保藏及应用。
b、包括如下章节：原核生物的生命周期、习性、厌氧生长、相互作用，并在一系列概要性的章节中介绍了人们所熟悉的表观特征群。
c、按照系统发育学，介绍古生菌有关的目和属。
d、按照系统发育学，介绍细菌域中的各个分支，这部分是《原核生物》的主要内容。
e、包括那些 已建立了固定的共生作用的微生物。
f、包括还未确定系统发育关系的菌群。
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