近年来在真菌分类方面，趋向于采用埃斯沃斯等人的《真菌学辞典》所介绍的分类系统。该分类系统认为真菌不属于低等植物，而是属于单独成立的真菌界。界以下分为黏菌门和真菌 门。真菌门再分为5个亚门：
1、鞭毛菌亚门
营养体单细胞或没有隔膜的菌丝体。孢子或配子，其中之一是可游动的。根据鞭毛的数目和位置，下分为3个纲：壶菌纲、丝壶菌纲和卵菌纲。
2、接合菌亚门
营养体是菌丝体，有性繁殖形成接合孢子。没有游动孢子。根据生活习性或生态特征可分为2个纲：接合菌纲和毛菌纲。
3、子囊菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体，极少数是单细胞。有性繁殖形成子囊和子囊孢子。此亚门不分纲，直接分37个目。
4、担子菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体。有性繁殖形成担孢子。根据担子果的有无以及开裂与否，分为4个纲：层菌纲、腹菌纲、锈菌纲和黑粉菌纲。
5、半知菌亚门
营养体是有隔膜的菌丝体或单细胞。只有无性繁殖阶段，没有或还没有发现其有性繁殖阶段。根据菌丝体有无、发育程度以及分生孢子产生的场所不同，分为2个纲：丝孢菌纲和腔孢菌纲。
关于酵母，虽然从系统分类上讲，它是分属于真菌的有关亚门中，但由于研究酵母的分类方法较研究一般丝状真菌特殊，更多地采用生理性状，因而逐渐形成了自己独特的分类系统。目前比较普遍采用的一种分类系统是罗德的酵母分类系统。在1970年出版的《酵母的分类研究》一书中，记载了37个属，392个种。根据有无有性过程，能否形成子囊孢子、掷孢子、担孢子、冬孢子以及孢子的数目、特点、形状等特征，将这些属种分别归为4大类：
第一类：能产生子囊孢子的酵母，归入子囊菌纲的原子囊菌亚纲的内孢霉目的3个科内。这3个科是：内孢霉科、酵母菌科和蚀精霉科。共22个属，179个种。
第二类：能产生冬孢子和担孢子的酵母，归入担子菌纲异担子菌亚纲的黑粉菌目的黑粉菌科内，共2个属，7个种。
第三类：能产生掷孢子的酵母，归人担子菌纲中不依附于其他目的掷孢酵母科内， 共3个属，14个种。
第四类：不产生子囊孢子、冬孢子和掷孢子的酵母，其有性生殖已经丧失或未被发现。这一类酵母归入半知菌类中的丛梗孢目的隐球酵母科内。共12个属，170个种。
另一种较为普遍采用的酵母菌分类系统是由克润杰在1984年所提出。根据他的分类，酵母菌已增为58个属，500多个种。他把酵母分为3大类：
第一类：子囊菌酵母，包括1个 目，2个科，34个属。
第二类：担子菌酵母，包括1 个 目，1个科，7个属。
第三类：半知菌酵母，包括2个科，17个属。
关于真菌的分类研究，在国内也有不少人做专门研究。其中以中国科学院微生物研究所的一些真菌分类专家为代表，并有不少这方面的专著，如《常见与常用真菌》等。
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