一、蓝隐藻属
蓝隐藻属细胞卵圆形或椭圆形，前端常斜截，略凹陷，后端钝圆，向腹侧弯曲。有两条不等长的鞭毛。色素体1个，有时2个，周生，盘状，蓝色或蓝绿色。
二、隐藻属
隐藻属细胞有背腹之分，背部隆起，腹部平直或略凹。腹侧有明显口沟。鞭毛2条， 自口沟伸出，略不等长。色素体2个，叶状，黄绿色或黄褐色。该属分布较广，在有机质丰富的水体里数量较多。
三、红胞藻属
红胞藻属细胞侧面呈卵形、椭圆形或纺锤形，略扁平，前端中央凹入，后端窄或渐尖形。具纵沟，口沟不明显。常具刺丝泡。色素体常为1个，片状，周生，呈红色或褐色和橄榄绿色。鞭毛2条，略不等长，常位于前端的一侧。具1个蛋白核。
四、素隐藻属
素隐藻属细胞形态与 隐藻属相似。口沟明显，其周围具刺丝泡。无色素体。核后位。常具许多副淀粉粒。腐生性营养。
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