一、裸藻属
裸藻属：植物体为单细胞，呈纺锤形至针形，多数种类表质柔软，可变形。有1条鞭毛，有1红色眼点。多数种类具色素体，1个至多个，呈盘状、片状、带状或星状，颜色多为绿色，有或无蛋白核。极少数种类五色素体；有些种类具裸藻红素（不是光合色素），可使细胞呈红色。
多生活在浅小而有机质丰富的水体，如池塘、鱼塘、沟渠等。某些种类可形成绿色、黄褐色或棕红色水华。
二、扁裸藻属
扁裸藻属：植物体为单细胞，正面观一般为圆形、卵形或椭圆形，有1根鞭毛。细胞扁平呈叶片状，少数有些扭曲，后端多呈尾状。
表质硬，不能变形。表质具纵向或螺旋状形排列的线纹、肋纹或颗粒。色素体多数，呈圆盘形，无蛋白核。具一个明显的眼点。
在浅小水体分布广泛，许多种类喜有机质丰富水质。
三、囊裸藻属
囊裸藻属植物体为单细胞，有1根鞭毛，具有囊壳。囊壳形状多样，有球形、卵形、椭圆形或纺锤形，表面光华或有点、瘤、刺、花纹等，颜色为褐色、黄色、橙色或无色。囊壳前端有孔，鞭毛由此伸出。
在温暖的静止小型淡水水体和沼泽中常见，某些种类大量繁殖可形成水华。
四、袋鞭藻属
袋鞭藻属细胞表质柔软，形态易变，一般圆柱形或纺锤形。表皮具线纹。藻体无色，五色素体。有2根鞭毛，长的一根直向前方，较粗，为游泳鞭毛；短的一根向后弯转，不易见到，为拖曳鞭毛。核明显易见，无眼点。
五、变胞藻属
变胞藻属又称素裸藻属，藻体与裸藻相似，主要区别在于无色素体和色素，无眼点。
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