研究已经表明，有许多因素可以影响消毒剂的消毒效果，了解影响消毒剂效力的主要因素，有助于在配制、贮存和使用过程中对消毒剂加以妥善正确处理，以确保其维持最强的杀菌效力。
（一）pH
pH的改变可以从两方面影响杀菌效果，一是对消毒剂的作用，可以改变其溶解度、离解程度和分子结构；二是对微生物的影响，大多数微生物能生长的pH范围是6—8，pH过高或过低对微生物的生长均有影响。例如，戊二醛的杀菌作用与其和氨基反应有关，这种反应在pH>=7时最迅速，所以戊二醛虽然在酸性pH时稳定，但在碱性pH时杀菌作用强。在碱性pH时，细菌带的负电荷增多，有利于阳离子型消毒剂发挥作用，对于阴离子型消毒剂来说，在酸性条件下效果好，因为此时细菌表面的负电荷减少。
（二）温度
温度是影响消毒剂效力的另一重大因素，消毒速度一般随温度的升高而加快，但温度变化对各种消毒剂影响的大小不同。一般来说，如果温度按等差级数增加，则杀菌速度按几何级数增加。
（三）有机物
有机物常以血清、血液、脓液、痰液、泥土、食物残渣、粪便、培养基成分等形式出现， 其存在可干扰消毒剂的杀微生物作用，原因主要有两方面：①有机物在微生物的表面形成一层保护层，妨碍消毒剂与微生物的接触，或延迟消毒剂的作用，甚至使微生物逐渐产生对药物的适应性；②有机物可中和一部分消毒剂，消毒剂被有机物消耗后，则对微生物的作用浓度降低。
（四）表面活性剂和金属离子
大分子聚合物和非离子表面活性剂可以降低对羟基甲酸脂类和季铵盐类消毒剂的作用，在有吐温存在时，需要加大消毒剂的浓度。阴离子表面活性剂可以降低季铵盐类和洗必泰的消毒作用，因此应注意不能将新洁尔灭等消毒剂与肥皂及阴离子洗涤剂合用。
金属离子的存在对消毒效果也有一定的影响，可以降低或增加消毒作用。在存在低浓度二价阳离子时，阴离子表面活性剂对葡萄球菌的抗菌作用加强，在存在Mg、Ca、Ba离子时，长链脂肪酸的杀菌作用大大降低。由于Mg、Ca离子对一些消毒剂的消毒效果有影响，所以目前在消毒学试验中广泛使用硬水，以便使研究的消毒剂在硬水地区也能使用。
（五）水
消毒剂配制用水的质量会影响消毒剂的杀菌效力。水的硬度、微生物和化学物质均会对消毒剂的效力产生不良影响，因此，建议用纯化水配制消毒剂；由于消毒剂的稳定性和杀菌效力会随其浓度和储藏条件而变化，因此，使用者必须按照生产商的要求配制、储存和使用消毒剂。
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