电镜下流感病毒呈球形或椭圆形，直径约为80—120nm，初次分离出时可见丝状，长短不一。结构由内至外分为2个部分。
1、核心是一个电子致密的内核，由7—8段卷曲盘旋的单负链RNA（每段RNA控制着一种病毒蛋白），包绕其周围的核蛋白及RNA多聚酶组成。甲型和乙型流感病毒有8个片段，1—6片段编码单个蛋白，分别为：PB2、PB1、PA、HA、NP和NA；第7和第8个片段都编码2个蛋 白，分别为M1、M2和NS1、NS2。丙型流感病毒只有7个片段。由于基因分段 的特点，每一个分段的基 因都决定流感病毒的遗传特性，使流感病毒在复制中易发生基因重组，导致基因编码的蛋白抗原发生变异而出现新亚型。流感病毒基因组总长度为13600个核苷酸，片段长度在890—2340kb范围，在每个RNA片段外包绕的蛋白质中有PA、PB1和PB2，均为与核酸复制和转录有关的依赖RNA的RNA多聚酶，其他均为核蛋白（NP）。RNA和NP合称核糖核蛋白，即核衣壳，呈螺旋对称。病毒核蛋白为可溶性抗原，抗原结构稳定，很少发生变异，具有型特异性。
表 流感病毒基因片段的产物
基因片段 蛋白 功能
1 PB2 多聚酶成分
2 PB1 多聚酶成分
3 PA 多聚酶成分
4 HA 血凝素、病毒附着蛋 白、融合蛋 白、中和抗体的靶位
5 NP 核壳蛋白
6 NA 神经氨酸酶（裂解唾液酸及启动病毒的释放）
7 M1 基质蛋白，病毒结构蛋白（介于衣壳与包膜之间启动装配）
M2 膜蛋白（形成膜通道和金刚烷胺的靶点，促进脱壳及产生HA）
8 NS1 非结构蛋白（抑制细胞mRNA转录）
NS2 非结构蛋白（很重要，但功能尚不清）
2、包膜有两层结构，由内向外，位于核蛋白与包膜脂质双层之间的是内层基质蛋白（亦称M1蛋白），具有保护核心与维持病毒外形的作用，并可促进病毒装配；位于基质蛋白之外的是脂质双层，来源于宿主细胞膜，包膜中镶嵌着膜蛋白（亦称M2蛋白），形成膜通道，利于病毒脱壳及HA的产生，并能选择性地从该部位出芽释放病毒。 M蛋白抗原性较稳定，具有型特异性。在包膜上镶嵌着两种刺突，即血凝素（HN）和神经氨酸酶（NA），两者的数量之比为1：5，均为病毒编码的糖蛋白。它们是划分流感病毒亚型的依据，抗原性极易变异。
（1）HA：与病毒吸附和穿入宿主细胞有关，因能凝集红细胞而得名。HA占病毒蛋白的25%，呈柱状，为三聚体。每个单体的原始肽链HAO必须经细胞蛋白酶裂解活化后，形成二硫键连接的HA1和HA2两个亚单位，病毒才具有感染性。HA1可与上皮细胞表面寡聚糖末端的唾液酸受体结合；HA2疏水端具有膜融合活性，因而病毒经吸附于敏感细胞被吞饮后，HA2可促进病毒包膜与细胞质膜的融合释放核衣壳。能与人、鸡、豚 鼠等多种红细胞表面的N-乙酰神经氨酸（唾液酸）受体结合引起红细胞凝集（简称血凝）。HA具有免疫原性，诱导的相应抗体为血凝抑制抗体，能抑制血凝现象和中和病毒感染性，为保护性抗体。
（2）NA：为糖蛋白，四聚体，呈蘑菇状，具有酶活性。NA占病毒蛋白的5%，主要作用于宿主细胞表面糖蛋白末端神经氨酸与相邻糖基的连结链，使其断裂，破坏细胞膜上病毒特异受体，使病毒从感染细胞膜上解离，有利于成熟病毒的释放和集聚病毒的扩散，但不能中和病毒的感染性。NA具有抗原性，其相应抗体能抑制酶的水解作用。
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