根据NP和M蛋白抗原性的不同，可将流感病毒分为 甲、乙、丙三型。甲型流感病毒根据其表面HA和NA抗原性不同，再区分为若干亚型。 目前从禽类已鉴定出15个H亚型（H1-H15）， 9个NA亚型（NA1-NA9）。近一个世纪，在人间流行的流感病毒主要是H1、H2、H3和N1、N2，几种抗原构成的亚型，但禽流感病毒H5N1、H9N2也可感染人。乙型、丙型流感病毒至今尚未发现亚型。目前对流感病毒的命名是根据1980年WHO公布的命名法，即型别/宿主（人可省略）/分离地点/病毒株/序号/分离年代（HA与NA亚型号）。流感病毒变异有抗原性变异、温度敏感性变异、宿主范围以及对非特异性抑制物敏感性等方面的变异，但最主要的是抗原性变异。流感病毒抗原性变异与其他病毒不同，特点是表面抗原HA和NA极易变异。在3个型别的流感病毒中，甲型流感病毒HA和NA最容易发生变异，变得更快。常见的流感病毒抗原变异有两种形式：①抗原漂移：其变异幅度小，HA、NA氨基酸的变异率小于1%,属量变，即亚型变异。一般认为是 由病毒基因点突变所造成，并与人群选择力有关，每2-5年出现一个新的变异株，引起中、小型流行。②抗原转换：变异幅度大，HA氨基酸的变异率为20-50%，属质变，即病毒株表面抗原结构发生一种或两种变异，导致新亚型的出现。由于人群对变异病毒株缺少免疫力，故每次新亚型出现都会引起流感大流行，甚至世界性流感大流行，随后该亚型进入抗原漂移阶段，直至又一新亚型出现。近一个世纪，甲型流感病毒已经历过数次重大变异。其中1977年，H1N1在前苏联、香港及我国东北地区又重新出现，并再次引起世界性流感大流行，且感染者都是30岁以下青年人，表明过去的流感病毒感染具有保护作用。此次流感大流行与以前新亚型出现不一样，H1N1没有完全取代H3N2，而是与其共同流行，加之乙型，三型交替流行至今。1998年由于甲亚型（A3，H3N2）国际代表株发生变异，由武汉株变为悉尼株，人群普遍对该株缺乏免疫力，造成该株在亚洲部分地区和次年在西欧等地区均发生流感暴发流行。乙型流感病毒不发生抗原转换。
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