（一）临床标本的检查
1、标本肠道外感染采取中段尿、血液、脓液、脑脊液等；胃肠炎则取粪便。
2、分离培养与鉴定
（1）肠道外感染
1）涂片染色检查：除血液标本外，均需做涂片染色检查。
2）分离培养：血液接种肉汤增菌，待生长后再移种血琼脂平板。体液标本的离心沉淀物和其他标本直接画线分离于血琼脂平板。35—37℃孵育18—24h后观察菌落形态。
3）鉴定：初步鉴定根据IMVIC（+ + - -）试验，最后鉴定靠系列生化反应。尿路感染尚需计数菌落量，每毫升尿中细菌数>10万才有诊断价值。
（2）肠道内感染：将粪便标本接种于鉴别培养基，挑选可疑菌落并鉴定为大肠埃希菌后，再分别用ELISA、核酸杂交，PCR等方法检测不同类型致腹泻大肠埃希菌的肠毒素、毒力因子和血清型等特征。
（二）卫生细菌学检查
寄居于肠道中的大肠埃希菌不断随粪便排除，可污染周围环境、水源、饮料及食品。样品中检出此菌愈多，表示被粪便污染愈严重，也间接表明可能有肠道致病菌污染。因此，卫生细菌学以“大肠菌群数”作为饮水、食品等粪便污染的指标之一。
大肠菌群指数是指每100ml（g）样品中的大肠菌群数。大肠菌群系指在37℃24h内发酵乳糖产酸产气需氧和兼性厌氧的肠道杆菌，包括埃希菌属、枸橼酸杆菌属、克雷伯菌属及肠杆菌属等。我国卫生标准规定，大肠菌群数在每升饮水中不得超过3个；每100ml瓶装水、果汁中不得超过5个。
四、防治原则
保持高卫生标准，减少接触引起胃肠炎大肠埃希菌菌株的危险。污染的水和食品是ETEC最重要的传染媒介，EHEC则常由污染的肉类和未消毒的牛奶引起，充分的烹饪可减少ETEC和 EHEC感染的危险。尿道插管和膀胱镜检查应严格无菌操作。对腹泻病人应进行隔离治疗，采取各种适宜的措施减少医院感染。
疫苗免疫预防已在畜牧业领域中开展了广泛研究。在家畜中，用菌毛疫苗防治新生畜崽腹泻已获得成功。例如，在孕牛产前6个月接种大肠埃希菌K99株的菌毛抗原，则新生牛犊吮乳后可被动获得特异菌毛抗体，而获得对同型茵毛型大肠埃希菌感染的免疫保护。
一种以预防ETEC感染为目的，使用ST与LTB亚单位交联的疫苗正在研究中。
大肠埃希菌耐药性非常普遍。很多菌株都已获得耐一种或几种抗生素的质粒。因此抗生素治疗应在药物敏感试验的指导下进行，特别是细菌性脑膜炎。
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