1、色谱法和荧光分析法
细菌生长过程中会体现出一定的物碑特性，因此可以通过检测微生物自身生长代谢代物来鉴定细菌。Newark微生物鉴定系统就是用气相色谱法检测一种饱和脂肪酸(微生物代谓物)的含量，达到检测鉴定微生物的目的。微型自动荧光酶标分析法MINIVIDIUS是利用酶联荧光免疫分析技术，通过抗原一抗体特异反应，分离出口标准，山荧光强弱判断样品的阳性或阴性。细菌卣接计数法通常以激光作为发光源，经过聚焦整形后的光束直照刺在样品流上，被荧光染色的细胞在激光束的照射下产生散射光和激发荧光。光散射信号基本上反映了细胞体积的大小；荧光信号的强度则代表了所测细胞膜表面抗原的强度或其核内物质的浓度，从而计算微生物的数量。
荧光分析法只能检测真核物，与细胞大小、DNA的数量有关，而这些又和培养条件以及微生物来源有关。色谱法和荧光分析法的检测成本较高。
2、PCR法
聚合酶联反应(PCR)是通过基因扩增检测微生物的存在的方法。常用放射性同位素(P、5S、C)或其它标记物(半抗原、酶生物索)标记特异核苷酸片段来制备核酸探针，检测一些难于培养或人工不能培养的微生物。将它与其它技术相结合，如氧化酶法的结合，可在食品检验中发挥更大的作用。李晓红等用免疫磁珠和复合PCR联用方法从样品中直接浓缩获取单增李斯特氏菌，灵敏度达1.5cfu／mL，检测时间仅24h，结果通过API方法确认，符合率lO0％。这种方法的灵敏度高，但是该方法需要较长时问的样品纯化处理过程，同时要求具备分子生物学技术的专业操作人员。
3、放射测量法
放射测量法(RM)是多种物理、化学诊断新技术。它主要用于血培养基中微生物的检验。RM的原理是根据细菌在生长繁殖过程中可利用培养基中的C标记的碳水化合物或盐类的底物，代谢产生CO，然后通过仪器测量CO的含量增加与否，来确定样品中有无细菌存在。如向培养基中加入C标记的葡萄糖，当样品中有细菌时，含C的葡萄精可被生长的细菌摄取吸收，经过代谢被利用，结果可能出现以下两种情况：一是进入细菌体内被标记，此时可用放射测量仪检测细菌的放射性，由此可直接证明标本中的细菌存在，并根据放射性强弱问接确定所含细菌的数量；二是如果以气态的“CO：释放出，可用氢氧化季铵盐捕获CO，以细菌生长测量仪检测放出的CO：，这样可快速、准确的检测出样品中有无细菌及其细菌的量。
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