一、按成分的不同分
1．天然培养基
主要成分是复杂的天然有机物质，如马铃薯、豆芽汁、牛肉膏、蛋白胨、血清等。这些复杂天然有机物质的成分不完全了解，每次所用的原料，其中各成分的数量也不恒定。这类培养基是实验室常用的培养基，例如牛肉膏蛋白胨培养基、马铃薯培养基等。
2．合成培养基
用化学成分完全了解的纯试剂配制而成的培养基，如高氏1号培养基，查氏培养基等。一般用于营养代谢、分类鉴定、菌种选育、遗传分析等。
二、按培养基的物理状态分
1．固体培养基
在液体培养基中加入凝固剂即为固体培养基。实验用的凝固剂有琼脂、明胶和硅胶，后者用于配制自养微生物的固体培养基。对其他多数微生物来讲，以琼脂最为合适，一般加入1．5—2．5%即可凝固成固体。此培养基可供分离、鉴定、活菌计数、菌种保藏等用。
2．半固体培养基
在液体培养基中加入少量凝固剂即为半固体培养基，例如琼脂只需加入0．2—0．7%。常用作细菌动力检查和菌种保存、噬菌体制剂的制备等。
3．液体培养基
没有加琼脂，配好后成液体状态的培养基。常用于生理代谢的研究和工业发酵等。
三、按培养基的用途分
1．基础培养基
含有一般细菌生长繁殖需要的基本的营养物质。最常用的基础培养基是上面提及的天然培养基中的牛肉膏蛋白胨培养基。这种培养基可作为一些特殊培养基的基础成分。
2．营养培养基（加富培养基）
在基础培养基中加入某些特殊营养物质，如血液、血清、酵母浸膏或生长因子等。用以培养对营养要求高的微生物，如培养百日咳杆菌需要含有血液的培养基。
3．鉴别培养基
是一类含有某种特定化合物或试剂的培养基。某种微生物在这种培养基上培养后，它所产生的某种代谢产物与这种特定的化合物或试剂能发生某种明显的特征性反应，根据这一特征性反应可以将某种微生物与其他种微生物区别开来。主要用于不同类型微生物的快速鉴定，如用来检查细菌能否产生硫化氢的醋酸铅培养基。
4．选择培养基
利用微生物对某种或某些化学物质的敏感性不同，在培养基中加入这类物质，抑制不需要的微生物生长，而利于所需分离的微生物生长，从而达到分离或鉴别某种微生物的目的，如分离真菌的马丁氏培养基。既有选择作用又有鉴别作用的培养基，如鉴别肠道杆菌的远藤氏培养基等。
微生物的生长繁殖除需要一定的营养物质以外，还要求适当的pH范围。不同微生物对pH的要求不一样，霉菌和酵母菌的培养基的pH是偏酸性的，而细菌和放线菌的培养基的pH为中性或微碱性的。所以配制培养基时，都要根据不同微生物对象用稀酸或稀碱将培养基的pH调到合适的范围。但配制pH低的琼脂培养基时，如预先调好pH并在高压蒸汽下灭菌，则琼脂因水解不能凝固，因此，应将培养基的成分和琼脂分开灭菌后再混合，或在中性pH条件下灭菌后，再调整pH。
此外，由于配制培养基的各类营养物质和容器等含有各种微生物，因此，已配制好的培养基必须立即灭菌，以防止其中的微生物生长繁殖而消耗养分和改变培养基的酸碱度而带来不利的影响。
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