将突变导入克隆病毒DNA的方法概括起来有三类：碱基置换；缺失或插入；成簇碱基(或短序列)置换。
碱基置换法最简单的碱基置换为寡核苷酸指导的突变法，该法需要合成一个含有目的突变的寡核苷酸序列作为引物。将其与含有野生型序列(通常为经M13噬菌体制备的单链DNA)模板杂交，然后以DNA聚合酶延伸，产生含有错配碱基的异源分子。在大肠杆菌中这一错配碱基得到修补而“固定”下来。这一方法能精确地产生所需突变，因此可用于改变病毒蛋白编码序列上的单个密码子，或在具有调控功能的病毒基因组序列上造成特定突变。除了单个碱基置换外，还可在一小段克隆的病毒DNA上随机产生多个碱基置换，方法有多种：简并引物法 基本上同上述寡核苷酸指导的突变法，不同的是所用引物带有多个随机碱基置换；也可用合成的双链寡核酸取代目的片段，其法类似于下述的成簇碱基置换。化学诱变法1 以化学诱变剂处理双链DNA，这是最简单的定位随机突变法。如用亚硝酸、羟胺等处理目的DNA片段，然后将其与野生型的其余部分连接起来，在随后的DNA复制中产生突变。化学诱变法2 利用化学诱变剂(如亚硝酸、甲醛、肼)处理单链DNA，这些试剂修饰单链上的碱基，而不至使磷酸二酯键骨架断裂。在用通用引物，禽反转录酶作用下，合成互补DNA链，因修饰碱基而发生配对改变导致随机突变。由于每一个位置上都可能有4种碱基，每一个修饰位点上的突变率为75%，同时由于颠换是转换的2倍，最终的突变将产生具有广泛氨基酸改变的蛋白质。DNA聚合酶错误掺入法 可以应用各种DNA聚合酶掺入碱基类似物这一途径向双链DNA导入点突变。硫代磷酸dNTP可经聚合酶有效地掺入，但不易被3'→5'编辑功能去除，可用DNaseⅠ首先在目的DNA上造成裂隙，在只有硫代磷酸dNTP的条件下进行一次聚合反应，随后再在有4种正常dNTP的条件下进行第二次聚合反应填补剩余裂隙，这种方法获得多种类型的碱基置换。也可以应用缺乏3'→5'外切酶活性的反转录酶完成错误掺入，产生随机突变。
缺失和插入法 最简单的人工突变就是在克隆的病毒DNA序列上产生一段缺失，若病毒DNA的限制性酶切图谱已经清楚的话，则有可能通过适当的限制酶建立一系列不同的缺失突变株。将两个限制性酶切位点间的序列切除，再以连接酶连接起来，即可达到目的。此时，若酶切产生的末端为平端或相同的粘性末端，可以直接连接起来，但若为不同的粘性末端，则需借助于E.coli DNA聚合酶Ⅰ Klennow片段，S1核酸酶等修饰酶处理以产生可经DNA连接酶连接的平端。同样的方法可用于在特定的限制性酶切位点处或之间插入一段异源性序列。 为了研究某一核苷酸区域的功能，往往需要缺失或插入不同长度的序列，这时有多种方法可以应用：接头插入法 用胰DNaseⅠ部分酶切或限制性内切酶部分酶切双链螺旋重组DNA分子，使之线性化，然后将人工接头连接于末端，即造成含有人工接头插入的突变。套式缺失突变法 有多种方法可以产生从目的DNA一端或另一端连续缺失不同大小片段的套式突变，这些方法均取决于以预期方式消化DNA的核酸酶：BAL31、胰DNaseⅠ、核酸外切酶Ⅲ。它们各有优缺点，但以核酸外切酶Ⅲ最为理想。
成簇碱基(或短序列)置换法 上述的碱基置换是在不改变病毒基因组序列长度的前提下测定个别碱基突变对病毒的影响，这种突变比较温和；缺失或插入突变则造成病毒基因组长度上的变化，产生的影响比较剧烈。如果在不改变DNA序列长度的情况下，用一段异源序列取代目的序列，便是介于两者之间的方法。这种方法最早是由Mcknight和Kingsburg(1982)在研究HSV tk基因的调控时建立起来的，他们用BamHⅠ接头取代HSV tk基因上游-86～-95一段序列以研究对调控的影响，称为“接头置换突变法”(linkerscanning mutagenesis)。最初的方法是一项包括建立大量5'和3'缺失、序列分析以及搭配在内的烦琐的工作，后来Luckow等(1987)建立了更为方便的方法，而聚合酶链反应(PCR)的诞生为接头置换突变，乃至任何短序列置换提供了更为快捷的途径。只要将欲置换的碱基簇作为PCR引物的5'端拖尾序列，任何片段都可造成置换突变。这些方法的详细程序中请参阅有关的分子生物学实验手册。
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