构成持续性病毒感染的病毒方面的原因包括
①病毒基因组整合到宿主细胞DNA中。如反转录病毒的前病毒DNA，随机整合后成为宿主细胞基因组的一部分，由亲代细胞传给子代细胞而长期持续存在；DNA病毒(如SV40)的全基因组或亚基因，也可以通过同源重组或随机方式无规律地插入宿主细胞基因组内。病毒DNA整合后，一般可表达部分病毒抗原而较少复制完整的病毒。少数整合的病毒可能继续复制，从而形成持续性感染。
②病毒侵犯免疫细胞或在有掩护的部位或细胞内增殖。如α－疱疹病毒在潜伏期内通常隐匿在神经细胞内，β－疱疹病毒和γ－疱疹病毒则因在淋巴细胞中持续存在，从而逃避免疫清除作用。人和猴免疫缺陷病毒侵入T4淋巴细胞，造成免疫低下，最终导致人或动物死亡。
③病毒抗原发生变异。如维斯纳－梅依迪病毒、马传染性贫血病毒在持续性感染期间，经常在体内发生连续性抗原变异,每次临床疾病的重新发生都由新的病毒变异株引起,从而逃脱了机体的免疫应答。维斯纳病毒注入羊体内，2周后发生亚急性脑炎，随后发展为慢性，2年后再从病羊组织分离病毒，发现其不被原感染动物的血清所中和，因此病毒得以持续存在。
④缺损干扰颗粒的出现。缺损干扰颗粒是一种普遍存在的不完全病毒颗粒，简称DI颗粒，它在抗原性上与完整病毒相似，但其基因组缺乏某些部分或片段，因此只含部分的病毒基因组(亚基因组)，不能进行正常的复制。在有同种或密切相关的感染性病毒存在时，则可复制，并因强烈竞争病毒聚合酶而降低感染性病毒的产量。DI颗粒的存在，是某些杀(溶)细胞性病毒在细胞培养物内导致持续性感染的主要原因之一。实验证明，用完整的水泡性口炎病毒(VSV)注入鼠脑，引起致死性脑炎。如给小鼠注入大量缺损水泡性口炎病毒和少量完整病毒，则可引起免疫而小鼠并不死亡。如注入大量完整的病毒和少量缺损病毒，动物发生缓慢进行性麻痹，最终死亡。其它如仙台病毒、流感病毒、小RNA病毒、呼肠孤病毒和反转录病毒中也发现有缺损干扰颗粒。作为缺损干扰颗粒，基因组中的任何基因片段均可缺失，但必须保留原始基因组中的两个部分，即特异地识别病毒复制酶的核苷酸序列以及特异地识别蛋白衣壳的包装序列。前者保证缺损干扰颗粒可利用亲代病毒的复制酶进行复制；后者保证该颗粒的核酸被相应的蛋白衣壳所包裹。缺损干扰颗粒的出现与其干扰完整病毒的确切分子生物学机理尚不清楚，但通过对DI颗粒的基因组研究已可提供一些线索。水泡性口炎病毒的缺损干扰颗粒基因组研究表明，病毒负链RNA的3'末端涉及转录与复制，而正链RNA的3'末端与复制出更多的负链RNA有关。由于该病毒的正、负链RNA的3'末端均为病毒核酸复制的起始点，因此，推测病毒核酸的5'端可能是病毒装配的起始区。病毒的核蛋白开始包裹RNA时,预计从新合成的RNA的5'末端进行。核蛋白的浓度可能起调节病毒复制的作用。当核蛋白浓度高时，因新合成的RNA很快地被装配成核衣壳，故可抑制RNA聚合酶的终止信号，使病毒继续复制。相反，当核蛋白浓度低时，新合成的RNA不能被迅速装配，终止RNA聚合酶的信号不被抑制,病毒复制可被减慢。如果在复制过程中，病毒复制酶作用的起始点与病毒核酸被蛋白衣壳包裹的起始区被DI颗粒所占据，则完整病毒的复制将被干扰。目前认为DI颗粒干扰完整病毒的机理主要在于这种颗粒的核酸有缺损，比完整病毒的核酸短，复制子代核酸所需时间少；DI颗粒的核酸对病毒复制酶有更高的亲和力,以及DI颗粒的核酸更容易被核蛋白衣壳所包裹。在水泡性口炎病毒或淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒细胞培养系统中，均可发现DI颗粒与完整病毒的周期性消长过程。DI颗粒数量增多到一定程度后，完整病毒量开始逐渐增多，此时DI颗粒量逐渐下降；待降低到一定程度后，完整病毒量又开始下降，DI颗粒又复升高。Depolo(1987年)通过长期对BHK－21细胞中出现的水泡性口炎病毒突变株与DI颗粒的分析发现，这一量变与水泡性口炎病毒突变株对DI颗粒抵抗力的质变有关。在分离出DI颗粒以前几代的水泡性口炎病毒突变株仅对DI颗粒的干扰稍有抵抗力；但随着继续培养与传代，水泡性口炎病毒突变株对DI颗粒干扰的抵抗力显著增加，可提高几十万倍，以致对该颗粒完全耐受而不被干扰。因此认为，不断地出现不同的DI颗粒与水泡性口炎病毒株不断改变其对该种颗粒的敏感性，构成了这种颗粒与病毒的周期性消长动态。此外，还发现DI颗粒核酸的3'末端较稳定，其核酸缺损主要发生在5'末端的末端47个核苷酸范围内。这一发现，加强了DI颗粒的5'末端容易竞争核蛋白包裹的假说的正确性。DI颗粒不仅存在于RNA病毒中，在疱疹病毒、乳多空病毒、个别型的腺病毒以及细小病毒中亦先后被发现。DI颗粒不仅存在于培养细胞中，也曾在急性病毒性感染的动物体中发现，并且证实这种颗粒与完整病毒的周期性消长有关。因此认为DI颗粒在病毒持续性感染中占有重要地位。
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