近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，尤其是分子遗传学的进步，大大提高了病毒病的诊断水平。病毒病的实验室诊断技术已从常规的病毒分离鉴定以及抗原和抗体的免疫学检测，进入到可对病毒基因序列和结构直接进行测定的分子生物学水平。病毒病的分子生物学诊断，包括对病毒核酸(DNA或RNA)和蛋白质等的测定，关键在于测定这些分子的特异序列或结构。病毒基因组往往含有特异序列，可以用核酸杂交的方法予以检出，而这段序列的存在则说明了该病毒的存在。虽然病毒是严格细胞内寄生的最小、最简单的生命形式，但也具有与宿主细胞不同的独特的核酸序列 和基因结构。常用的分子生物学诊断技术包括基因组电泳分析、DNA酶切图谱分析、寡核苷酸 指纹图、核酸杂交、聚合酶链式反应(PCR)等。其中核酸杂交和PCR技术又以其特异、快速、敏感、适于早期和大量样品的检测等优点，成为当今病毒病诊断中最具应用价值的方法。 DNA杂交的灵敏度已经提高到0.05pg/μl水平，也就是说，只要有1000个DNA拷贝，就可能被检测出来。使用PCR甚至可以检测出一个拷贝的DNA分子。分子生物学诊断的特异性取决于核酸序列的特异性。现已发现某些病毒与宿主细胞或与其它病毒之间存在着同源的核酸 序 列，因此在建立分子杂交或PCR诊断方法时，需要了解基因片段的核苷酸序列，获得病毒特异的片段。在这一片段上标记放射性同位素或非放射性物质(如地高辛、生物素等)作为探针 ,就可建立分子杂交诊断方法;也可根据这一片段的核苷酸序列，设计一对特异引物，应用PC R技术扩增这一片段。获得病毒特异DNA片段的基础是进行病毒基因的克隆，即首先建立易于获得足够量病毒DNA的病毒基因无性繁殖系。病毒基因克隆以后，就可以比较容易地用 酶促法或化学法来测定其核苷酸序列，再将获得的序列输入计算机，与基因序列库中的己知序列进行比较分析，就能准确地定位病毒特异的基因序列。到目前为止，越来越多的病毒基 因被克隆和测序，几乎涉及所有动物病毒科的成员，一些重要病毒的全基因序列已被测定，这无疑促进了病毒病分子生物学诊断技术的发展。
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