第一 获取病毒分离样品，这个要求比较高，采集后如果不能立即操作则必须低温保存，并尽快送实验室操作。另外也可以冷冻保存，一般情况下病毒是不容易冻死的。当然某些特殊病毒除外，这需要查阅相关资料。
第二 病毒分离操作，将获取病样研磨，并冻融至少一次，当然研磨过程中必须低温。同时研磨应充分，在研磨时可以加入生理盐水或PBS或者直接加细胞培养液，研磨完全后冻融一到三次，冻融的目的是为了让细胞完全破裂将细胞内的病毒释放到溶液中。然后低速离心，取上清用0.22微米的滤膜过滤，去过滤后的液体接种细胞。此时须注意，并不是所有病毒接种是都需要让细胞完全长满细胞瓶，一般是不能产生细胞病的病毒最好在细胞长到40%左右接种，而能产生细胞病变的则需要完全长满细胞瓶以后再接种病毒。接种过程中为避免污染可以加入双抗，或者其他抗生素。
第三 接种后观察，某些能产生细胞病变的病毒很容易观察，直接在显微镜下就能看是否分离成功；如果病毒不产生细胞病变，则需要用其他的方法来检测，比如可用荧光抗体染色、PCR或者其他方法。不过大部分情况下第一代都不容易看到或者效果不好，这时你可以再传几代试试。如果再传四~五代以后都没有的话，那恭喜你，你失败了，或者你的方法有问题，或者根本就没有你要分离的病毒，或者在分离过程中你的病毒就已经死了。
用细胞分离病毒大概就是这个过程，当然某些病毒可能还没有相应的传代或者原代细胞，如果要分离就只能用易感动物了，操作都是相似的，无非都是采样、样品处理、接种、接种后检测观察、收集病毒而已。上面说到的方法都是从动物组织中分离，当然如果不是组织，比如你要从粪便或者尿液或取的拭子上分离，则可直接将其用生理盐水、PBS或细胞培养液稀释（要尽量摇匀如果是拭子的话应多挤压摇匀）然后离心取上清过滤接种细胞就可以了。
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