生物安全工作的核心是危险度评估。危险度评估应当由那些对所涉及的微生物特性、设备和规程、动物模型以及防护设备和设施最为熟悉的人员来进行。
进行微生物危险度评估最有用的工具之一就是列出微生物的危险度等级（见第1章）。然而对于一个特定的微生物来讲，在进行危险度评估时仅仅参考其危险度等级是远远不够的，适当时还应考虑其他一些因素，包括：
1、微生物的致病性和感染数量
2、暴露的潜在后果
3、自然感染途径
4、实验室操作所致的其他感染途径（非消化道途径、空气传播、食入）
5、微生物在环境中的稳定性
6、所操作微生物的浓度和浓缩标本的容量
7、适宜宿主（人或动物）的存在
8、从动物研究和实验室感染报告或临床报告中得到的信息
9、计划进行的实验室操作（如超声处理、气溶胶化、离心等）
10、可能会扩大微生物的宿主范围或改变微生物对于已知有效治疗方案敏感性的所有基因技术
11、当地是否能进行有效的预防或治疗干预。
根据危险度评估过程中所明确的上述信息，可以确定所计划开展的研究工作的生物安全水平级别，选择合适的个体防护装备，并结合其他安全措施制订标准操作规范（standard operating procedure，SOP），以确保在最安全的水平下来开展工作。
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