建立 16 S r RNA 系统发育树的意义
a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群；
传统的生物进化研究，主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限于研究后生生物（metazoa） ，而后者仅占整个生物进化历程的 1/5
b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；
c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据；
d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的微生物分类、鉴定理论；
e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。
“Taxonomists' counts suggest that insects dominate the diversity game, but new analyses reveal that microbes are the real winners.”
核酸的碱基组成和分子杂交：
与形态及生理生化特性的比较不同，对 DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微生物之间基因组的差异，因此结果更加可信。
1. DNA的碱基组成(G+Cmol%)
DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征，即使个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。
分类学上，用 G+C 占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%)来表示各类生物的 DNA碱基因组成特征。
1） 每个生物种都有特定的GC%范围， 因此后者可以作为分类鉴定的指标。 细菌的GC%范围为 2575%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。
2）GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性， 从分子水平上判断物种的亲缘关系。
3）使用原则：
G+C 含量的比较主要用于分类鉴定中的否定每一种生物都有一定的碱基组成，亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的 G+C 含量，若不同生物之间 G+C 含量差别大表明它们关系远。
但具有相似 G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。
同一个种内的不同菌株 G+C 含量差别应在 4～5%以下；同属不同种的差别应低于 10～15%。所以 G+C 含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的菌株， 如果其G+C含量的差别大于5%，则肯定不是同一个种，大于 15%则肯定不是同一个属。
在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时，G+C 含量是一项重要的，必不可少的鉴定指标。 其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些G+C 含量差别大的种类排除出某一分类单元。
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