所谓细菌冶金，就是利用某些自养型细菌在浸出剂中的作用，从贫矿中富集某些金属元素的过程。
1951年有人从煤矿的坑水中分离出了一种氧化铁硫杆菌。它能促使用权硫酸亚铁氧化成硫酸铁，促使黄铁矿(FeS2)氧化成硫酸铁和硫酸。后来又发现了能把矿物中的硫或硫化物氧化成硫酸的氧化硫杆菌。而硫酸和硫铁能将某些矿石中金属元素转化成相应金属的的硫酸盐。
在多金属硫化矿床中通常都含有黄铁矿。在有水和空气的条件下。黄铁矿受氧化铁硫杆菌的催化作用生成的Fe2(SO4)3的H2SO4对某些金属矿物是良好的浸出剂。例如黄铜矿可被Fe2(SO4)3的酸性溶液浸出的反应可表示为CuFeS2+2Fe2(SO4)3+3O2+2H2O=CuSO4+5FeSO4+2H2SO4，而在氧化铁硫杆菌作用下，FeSO4又转化为Fe2(SO4)3:4FeSO4+2H2SO4+O2=2Fe2(SO4)3+2H2O，因此浸出反应可循环进行。往浸取所得含硫酸铜的溶液中投入铁，可把铅置换出来，生成海绵铜。再经精炼可得纯铜。细菌炼铜已在美、日等20余国付诸实施，我国也已采用。
据1967年统计资料，国际上每年用细菌炼铜高达32吨，占整个采铜量的20%。
现在，不仅可利用细菌“炼”铜，还用于富集某些其它金属元素，如Ni,Co,Pb.Cd等”。
细菌炼铀也已取得重大突破，已发现从铀矿废渣堆流出的酸性溶液中可回收铀。这是由于在这些“废液”中生活着的氧化铁硫杆菌，当其浸蚀铀矿中的黄铁矿时，产生的硫酸和硫酸铁溶液能从铀矿中浸出铀（生成UO2SO4），人们收集浸出液，从中提取铀。现在，加拿大等国已建立了细菌提铀厂。日本利用链霉菌、放线菌从海水中提出了铀。
细菌冶金适于处理贫矿、尾矿、小而分散的富矿以及某些难矿及老矿山的废矿。由于细菌冶金过程中浸取周期较长，环境温度需要适宜等，因此应用受到一定限制。
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