（一）按研究微生物的基本生命活动规律为目的来分
总学科可称为普通微生物学（GeneralMicrobiology）或微生物生物学（BiologyofMicroorganisms），其分支学科主要有：微生物形态学，微生物分类学，微生物生理学，微生物生物化学，微生物遗传学，微生物生态学以及分子微生物学等。
（二）按微生物的应用领域来分
其总学科可称应用微生物学（AppliedMicrobiology），其分支学科有：工业微生物学，农业微生物学，植物病理学，医学微生物学，药用微生物学，兽医微生物学，抗生素，食品微生物学，酿造学以及乳品微生物学等。
（三）按所研究的微生物的对象来分
例如：细菌学，真菌学，病毒学，噬菌体学，原生动物学，藻类学，支原体学，自养菌生物学以及厌氧菌生物学等。
（四）按微生物所在的生态环境来分
例如：土壤微生物学，海洋微生物学，环境微生物学，宇宙微生物学以及水微生物学等。
（五）按实验技术操作来分。例如：实验微生物学等。
（六）按微生物学与其他学科间的交叉情况来分这是一类具有旺盛“杂种优势”的新兴边缘学科，具有强大的生命力。例如分析微生物学，化学微生物学，微生物化学分类学（MicrobialChemotaxonomy），微生物数值分类学（MicrobialNumericalTaxonomy）以及微生物地球化学等。
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