一)杀菌不彻底致罐头内残留有微生物
罐头食品在加工过程中，为了保持产品正常的感官性状和营养价值，在进行加热杀菌时，不可能使罐头食品完全无菌，只强调杀死病原菌，产毒菌，实质上只是达到商业无菌程度。罐头的商业无菌即罐头内所有的肉毒梭菌芽胞和其它致病菌以及在正常的贮存和销售条件下能引起内容物变质的嗜热菌均被杀灭。
罐内残留的一些非致病性微生物在一定的保存期限内，一般不会生长繁殖，但是如果罐内条件发生变化，贮存条件发生改变，这部分微生物就会生长繁殖，造成罐头变质。
经高压蒸汽杀菌的罐头内残留的微生物大都是耐热性的芽胞，如果罐头贮存温度不超过43℃，通常不会引起内容物变质。
二)杀菌后发生漏罐
罐头经杀菌后，若封罐不严则容易造成漏罐致使微生物污染。
1、重要污染源是冷却水，这是因为罐头经热处理后需通过冷却水进行冷却，冷却水中的微生物就有可能通过漏罐处而进入罐内。
2、空气也是造成漏罐污染的污染源，但较次要。
3、一些耐热菌、酵母菌和霉菌的侵入。
4、罐内氧含量升高，导致各种微生物生长旺盛，从而内容物pH值下降，严重的会呈现感官变化。
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